sciencetalk

Hoi,

Gegeven is een Lineweaver-Burke plot met 2 grafieken, die substraat 1 en substraat 2 vertegenwoordigen (substraat 1 en 2 zijn verschillend). Aan beiden werd hetzelfde enzym toegevoegd in eenzelfde hoeveelheid.

Gevraagd

-Hoe zou je de relatieve affiniteit van het enzym voor de 2 substraten kunnen bepalen?

-Hoe zou je het turn-over getal van de 2 substraten kunnen bepalen?

Het is slechts een denkvraag, dus ik heb geen concrete waarden..

Ik weet dat voor een Lineweaver-Burke geldt:

-op de x-as staat 1/[substraat] , en het punt waar de rechte door de x-as gaat is -1/K_M (met K_M de Michaelis-Menten constante -> maat voor de affiniteit)

-op de y-as staat 1/V, en het punt waar de rechte door de y-as gaat is 1/V_max

-de waarde van de helling is K_M/V_max

Het turn-over getal geeft het aantal moleculen aan dat per tijdseenheid bij volledige saturatie van het enzym wordt omgezet.

Ik heb geen idee hoe ik er aan moet beginnen..

Maaiketje schreef: ↑zo 01 sep 2013, 18:53
Ik heb geen idee hoe ik er aan moet beginnen..

vreemd, je hebt al zoveel gezegd

Michaelis-Menten constante -> maat voor de affiniteit

correct, welke fysische betekenis kan je eraan geven? (als K_M groter is, dan is de affiniteit ...) Je kan de constant ook schrijven als een evenwichtsconstante.

Het turn-over getal geeft het aantal moleculen aan dat per tijdseenheid bij volledige saturatie van het enzym wordt omgezet.

Aantal moleculen per tijdseenheid, per enzymmolecule. Welke getallen uit de plot hebben hiermee te maken?

Wanneer de K_M klein is, dan is de affiniteit groot ; indien de K_M groot is, dan is de affiniteit klein.

Als je K_M schrijft als een evenwichtsconstante krijg je: K_M= (k₂ + k₃)/k₁ en als k₂ >>>> k₃

dan wordt K_M = k₂ / k₁

Ik denk dat wat betreft het turn-over getal, de snelheid V en de enzymconcentratie [E] belangrijk zijn, maar aangezien [E] niet echt op de plot te zien is, is het misschien ?

Maaiketje schreef: ↑ma 02 sep 2013, 12:33
Wanneer de K_M klein is, dan is de affiniteit groot ; indien de K_M groot is, dan is de affiniteit klein

inderdaad. Dat beantwoord de eerste vraag, niet? Je kan dus antwoorden dat je uit de grafiek K_M kan halen en zo ook de affiniteit. Zeker omdat je twee substraten hebt, je kan ze dus sowieso al onderling vergelijken.

Ik denk dat wat betreft het turn-over getal, de snelheid V en de enzymconcentratie [E] belangrijk zijn, maar aangezien [E] niet echt op de plot te zien is, is het misschien ?

turnover getal is maximaal aantal omzetting / tijdseenheid per enzym, reactiesnelheid is aantal omzettingen / tijdseenheid, dus de V_max is het turnover getal (op een factor [E]₀ na). Eens?

Gezien je geen concrete getallen hebt gekregen kun je dat turnover getal niet berekenen, maar je kan als antwoord op de vraag wel formuleren hoe je het zou doen als je wel getallen had (en dus ook een waarde voor [E]). Wat je wel kan doen zonder getallen, maar met grafiek, is opnieuw de twee substraten met elkaar vergelijken. Immers is de enzymconcentratie in beide gevallen hetzelfde, zie je dat?

Ja, ik denk dat ik het begrijp. Je moet dus eigenlijk gewoon kijken naar de snijpunten op de x-as en de y-as in dit geval.

Bijvoorbeeld voor het turn-over getal, stel dat je een rechte a hebt die de y-as snijdt ter hoogte van het punt (0,1) en een rechte b die de y-as snijdt ter hoogte van het punt (0,2). Dan is het turn-over getal van rechte a groter dan bij rechte b, wat dan wil zeggen dat er meer van substraat a werd omgezet in een product?

En voor de affiniteit, stel dat rechte a door het punt (-1,0) gaat en rechte b door het punt (-2,0). Dan is de affiniteit van substraat a groter dan de affiniteit van substraat b?

Maaiketje schreef: ↑ma 02 sep 2013, 13:51
Ja, ik denk dat ik het begrijp. Je moet dus eigenlijk gewoon kijken naar de snijpunten op de x-as en de y-as in dit geval.

Het zal afhangen van de vraag: als je concrete getallen hebt kan je alles ook uitrekenen, maar als je gewoon twee curven (op dezelfde schaal + zelfde concentraties!) hebt kan je ze nog steeds "op zicht" onderling vergelijken.

Bijvoorbeeld voor het turn-over getal, stel dat je een rechte a hebt die de y-as snijdt ter hoogte van het punt (0,1) en een rechte b die de y-as snijdt ter hoogte van het punt (0,2). Dan is het turn-over getal van rechte a groter dan bij rechte b, wat dan wil zeggen dat er meer van substraat a werd omgezet in een product?

dat wil zeggen dat substraat a sneller wordt omgezet (en als je beide eenzelfde tijd volgt wordt idd meer a omgezet)

En voor de affiniteit, stel dat rechte a door het punt (-1,0) gaat en rechte b door het punt (-2,0). Dan is de affiniteit van substraat a groter dan de affiniteit van substraat b?

even oppassen: a heeft dus een grotere waarde voor K_M en dus ...

Ah, inderdaad, hoe groter K_M,hoe kleiner de affiniteit. Dus substraat a heeft een kleinere affiniteit!

Heel erg bedankt, het heeft alles veel duidelijker gemaakt