sciencetalk

Een eerste versie van een mogelijke update van de "Inleiding & FAQ pagina over Folding@Home" zoals besproken met Jan van de Velde in dit topic. Er is zeker nog ruimte voor verbetering, maar nu kunnen we misschien stap per stap werken en overleggen...
 
"Wat is Distributed Computing?"
 
Over de hele wereld staan er miljoenen PC's die maar een fractie van hun totale rekencapaciteit benutten. Een moderne computer gebruiken om een email te versturen, is ongeveer 'hetzelfde' als met een vrachtwagen naar de kruidenier rijden voor één kilo tomaten en één krop sla.
 
Aan de andere kant zijn er onderzoeken op deze wereld die schreeuwen om rekencapaciteit omdat zelfs de grootste en duurste supercomputers nog lang niet snel genoeg zijn om ingewikkelde processen -waarvan we graag meer zouden weten- door te rekenen. Een duizendtal gewone PC's samen zijn al gauw net zo krachtig als de grootste supercomputer op dit moment.
 
Bij 'Distributed Computing' worden die ingewikkelde processen in duizenden kleine stukjes "geknipt" en opgestuurd naar al die 'onderbenutte' PC's. Die kunnen dan een tijdje aan zo'n "stukje" rekenen terwijl ze toch weinig anders te doen hebben, en na een paar dagen of weken de (tussen)uitkomsten terugsturen. De resultaten worden dan centraal geëvalueerd, samengesteld tot een volgende stap, en die wordt terug in kleine stukjes naar de meehelpende PC's gestuurd.
 
Op die manier kunnen wij, gewoon door deel te nemen met onze gewone PC, een steentje bijdragen aan fundamenteel én belangrijk onderzoek. Een van die projecten, gebaseerd op 'Distributed Computing', is Folding@Home.
 
"Folding@Home"
 
De Folding@Home-groep van de Stanford Universiteit heeft dergelijk "Distributed Computing"-project dat het ‘vouwen’ (en vooral ook het 'misvouwen') van eiwitten bestudeert. Dat 'misvouwen' van eiwitten kan enorme gevolgen voor de gezondheid hebben (ziektes zoals Alzheimer, Parkinson, maar ook verschillende soorten kanker).
 
Eiwitten zijn kleine "biomachines" die onmisbaar zijn voor ALLE belangrijke biologische processen zoals enzymen voor alle biochemische reacties, basisbestandsdelen van onze botten, spieren, haar, huid en bloedvaten, in het immuunsysteem als antilichamen voor bv. virusherkenning, enzovoort. De lijst is eindeloos! Eiwitten zijn kettingen van opeenvolgende aminozuren zoals histidine, valine, etc. In totaal zijn er 20 mogelijke natuurlijke aminozuren die voorkomen in eiwitten.
 
 

 

"Waarom “vouwen” eiwitten?"
 
Het kennen van de aminozuurvolgorde van een eiwit vertelt ons weinig over wat het eiwit doet en vooral hoe het dat doet. Om hun functie (als bijvoorbeeld enzymen of antilichamen) te vervullen moeten ze een bepaalde vorm aannemen, ook wel een bepaalde "vouw" genoemd. Dit kan doordat de moleculen in eiwitten langs allerlei (bindings)assen kunnen draaien.
 
Eiwitten zijn dus werkelijk verbazingwekkende apparaten: voordat ze hun ‘werk’ doen, stellen ze zichzelf samen! Dit samenstellen van henzelf wordt "vouwen" genoemd.
 

 

"Vouwen van eiwitten en samenhangende ziektes"
 
Eiwitten zijn de “werkpaarden van het lichaam”, maar voordat ze kunnen werken moeten ze zich "opvouwen". Dit vouwen van eiwitten is fundamenteel voor alle biologische organismen, maar voor de mens eigenlijk bijna een compleet mysterie... Dit vouwen gebeurt constant in het lichaam, maar soms lopen er dingen verkeerd (het zogenaamde “misvouwen”). Soms zijn er geen grote gevolgen, maar het kan ook gebeuren dat verkeerd gevouwen eiwitten fatale gevolgen hebben.
 
Folding@Home bestudeert hoe het “misvouwen” van eiwitten, ziektes kan veroorzaken. Er worden regelmatig nieuwe ziektes aan de lijst toegevoegd, maar momenteel bestudeert Folding@Home de volgende aandoeningen:
 
1. Ziekte van Alzheimer
2. Ziekte van Huntington
3. Kanker
4. Ziekte van Chagas
5. Malaria
6. Virussen
7. HIV
8. Diabetes
Verder worden ook nog het ribosoom en de ontwikkeling van nieuwe medicijnen onder de loep genomen!
 

 

"Waarom is het vouwen van eiwitten zo moeilijk te begrijpen? "
 
Het is verbazingwekkend dat eiwitten zich niet alleen zelf samenstellen - zich vouwen - maar dat ze dit ook zo verbazingwekkend snel doen: sommige zo snel als een miljoenste van een seconde. Hoewel dit zeer snel is voor een persoon is het proces wel zo ingewikkeld dat het nog opmerkelijk lang duurt om dit te simuleren op computers.
 
Een processor doet er een etmaal over om een nanoseconde (1/1.000.000.000-deel van een seconde) te simuleren. Helaas duurt het vouwen van eiwitten tienduizenden nanoseconden. Het zou met andere woorden 10.000 processordagen (30 processorJAREN!) duren om het vouwen van één eiwit te simuleren. Dat is een lange tijd om op één resultaat te wachten!!!
 
“Hoe kan JIJ een bijdrage leveren?”
 
Omdat wij een wetenschappelijke gebruikersgroep zijn, is het bijna onze plicht om deel te nemen aan dit project.
 
Daarom is er in januari 2006 een Wetenschapsforum-team opgericht om te gaan helpen bij FOLDING@HOME. Dit is niet alleen nuttig; om het ook leuk te maken zijn er aan al die “stukjes” rekenwerk ook punten gekoppeld, en zo ontstaat er een wereldwijde "vouwcompetitie".
 
Wetenschapsforum.nl heeft zich in een paar jaar tijd de wereld-top-500 'binnengevouwen', maar de competitie zit ons op de hielen en we willen graag standhouden/misschien wel nog wat stijgen in de rangschikking en daarvoor hebben we JOUW hulp nodig!
 
 

De software
 
Protein viewer:

 
Webcontrol:

 
Ter overtuiging:

 

Installatie:
 
1. Download hier de software en installeer.
2. Vul je gebruikersnaam in (gewoon je WSF-gebruikersnaam).
3. Vul het wetenschapsforum-teamnummer in. Ons team nummer: 48658
4. … Dat was het!
 
Verder zal de rest van de instellingen goed staan, je bent klaar om aan de slag te gaan!
 

Nuttige links:
 
Het Wetenschapsforum Distributed Computing subforum voor discussies over ons “vouwwerk”: klik
 
Achtergrond over Folding door Stanford: klik
 
Internationaal Folding Forum: klik
 
De Project Summary waar je een overzicht kan vinden van alle eiwitten in behandeling (ook dat van jou): klik
 
Statistieken:
 
Je kunt jezelf overigens pas in de statistieken terugvinden wanneer je jouw eerste "eiwitje" ingeleverd hebt. Als je er nog niet meteen in staat, is dit dus volledig normaal.
 
* Officiele WSF-vouwstatistieken
* Officieuze statistieken op ExtremeOverclocking  ook per teamlid
* Officieuze statistieken op Kakaostats
met oa een grafische weergave (zg. radar) van de snelheid waarmee wij, en de andere teams vóór en achter ons, vouwen.

@ Kravitz & Jan vdV
 
Zijn er dingen die zeker nog gewijzigd moeten worden (suggesties, ...)? Zaken die goed zijn en mogen blijven zoals in mijn vorig bericht?

QuarkSV schreef: @ Kravitz & Jan vdV
 
Zijn er dingen die zeker nog gewijzigd moeten worden (suggesties, ...)? Zaken die goed zijn en mogen blijven zoals in mijn vorig bericht?

 
Weekje weggeweest, dus niks meer gezien of bekeken. Ik ga zometeen eens zien.

Ik heb ook even zitten denken: kan er geen nieuw "sticky" topic gemaakt worden als "Inleiding en FAQ i.v.m. F@H"? In het topic van nu staan veel verouderde tips (gepost door ene Prof. Folding...) die ik misschien ook even zou kunnen "uitmesten" in die zin dat ik ze zou overlopen en enkel de relevante tips voor vandaag & de toekomst bundel in een algemene FAQ, die we dan posten onder (of misschien wel apart?) het nieuwe "sticky" topic... Hoe staan jullie t.o.v. dat idee?
 
Op die manier hebben we een volledig nieuw topic met een opfrissing van de inleiding & uitleg i.v.m. F@H + een relevantie opsomming van tips/FAQ...
 
Het lijkt me ook handig dat die tips eens allemaal in één of een paar (of toch ten minste niet in zoveel verschillende zoals nu) bericht(en) komen te staan.
 
Het is maar een idee, laat eens weten wat je denkt 

Algemeen vind ik je eerste opzet goed! Het toevoegen van extra witregels en hier en daar een extra titeltje maakt het allemaal wat overzichtelijker. Hieronder heb ik een paar kleine opmerkingen en suggesties neergezet. 

 

Eiwitten zijn kleine "biomachines" die onmisbaar zijn voor ALLE belangrijke biologische processen zoals enzymen voor alle biochemische reacties, basisbestandsdelen van onze botten, spieren, haar, huid en bloedvaten, in het immuunsysteem als antilichamen voor bv. virusherkenning, enzovoort.

 

De blauwe overgang vind ik een beetje moeilijk, beter vind ik: "Eiwitten zijn kleine "biomachines" die onmisbaar zijn voor ALLE belangrijke biologische processen. Ze fungeren als enzymen in biochemische reacties, vormen de basisbestanddelen van onze botten, spieren"... enz

 

Wat de eerst figuur betreft: knappe figuur! Maar ik heb er twee vragen/opmerkingen bij:

1. Je hebt die bewerkt vermoed ik? De helft is VIB copyright. Weet iemand in welke mate we daarmee rekening moeten houden en vermelden?
2. Eventueel kunnen we nog een extra pijl toevoegen van eiwit --> functie. Ik zou even moeten denken hoe we dat visueel ook duidelijk kunnen maken en hoe dat in het kleurenschema past.

Terzijde een kleine opmerking over het toevoegen van figuren: wil je die als bijlage toevoegen? Die afbeeldingen blijven maar een paar maanden op tinypic bestaan. Bij ons zijn ze normaal gezien veilig .

 

 

"Vouwen van eiwitten en samenhangende ziektes"

 

[...] Soms zijn er geen grote gevolgen, maar het kan ook gebeuren dat verkeerd gevouwen eiwitten fatale gevolgen hebben.

 

Ik zou hier nog graag het aspect van aggregatie toevoegen en ook enkele aandoeningen vermelden (onafhankelijk van het F@H project).

 

Iets als: "Soms zijn er geen grote gevolgen, maar het kan ook gebeuren dat verkeerd gevouwen eiwitten gaan samenklonteren of hun functie verliezen met een mogelijke fatale afloop tot gevolg. Ziektes zoals de ziekte van Alzheimer, Parkinson, taaislijmziekte (cystische fibrose), BSE (Gekkekoeienziekte), Huntington, Osteogenesis Imperfecta, een geërfde vorm van emfyseem en zelfs vele soorten kanker worden allemaal in verband gebracht met het verkeerd vouwen van eiwitten."?

 

 

Wat de Protein viewer screenshot betreft: misschien vervangen door eentje waarop een eiwit staat?

 

 

QuarkSV schreef:Ik heb ook even zitten denken: kan er geen nieuw "sticky" topic gemaakt worden als "Inleiding en FAQ i.v.m. F@H"? In het topic van nu staan veel verouderde tips (gepost door ene Prof. Folding...) die ik misschien ook even zou kunnen "uitmesten" in die zin dat ik ze zou overlopen en enkel de relevante tips voor vandaag & de toekomst bundel in een algemene FAQ, die we dan posten onder (of misschien wel apart?) het nieuwe "sticky" topic... Hoe staan jullie t.o.v. dat idee?

 

Op die manier hebben we een volledig nieuw topic met een opfrissing van de inleiding & uitleg i.v.m. F@H + een relevantie opsomming van tips/FAQ...

 
Alles kan in principe, maar ik kan je niet helemaal volgen denk ik. Wil je beide FAQ laten bestaan? Ik denk dat jouw vernieuwde versie op termijn de eerste post van deze topic kan vervangen. Technisch kan dat op twee manieren; of iemand van ons kopieert jouw tekst en vervang die in de eerste post, of we splitsen jouw berichten af naar een nieuwe topic en dan kan deze de prullenmand in. Wat we ook kunnen doen is een apart werktopic maken waar we discussies zoals deze voeren en dan op het einde alle relevante zaken kopiëren of verplaatsen naar het betreffende finale topic.

 

 

Het lijkt me ook handig dat die tips eens allemaal in één of een paar (of toch ten minste niet in zoveel verschillende zoals nu) bericht(en) komen te staan.

Anderzijds, als je gebruik wil maken van een inhoudstabel (bijv. in post 1 of post 2 na de inleiding), kan je gemakkelijk linken naar iedere vraag. Ik weet ook niet als er een limiet staat op het maximaal aantal tekens dat een bericht kan bevatten.

Ik zal er deze week werk van maken, bedankt voor de feedback. Misschien weet Jan ook wel nog iets toe te voegen...
 
Zoals je zegt, ik zal een apart topic maken met de update zodat we daar verder kunnen in gaan (hier hoort dit niet echt thuis waarschijnlijk).
 
Misschien dat het best is dat we dan gewoon de nieuwe tekst (als die af is) als "sticky" topic maken en de oude gewoon verwijderen (maar ik zal eerst nog die tips bundelen). Ik wil dus maar één enkele Inleiding/FAQ laten staan (de nieuwste), als dat goed is.
 
I.v.m. die inhoudstabel, daar moet ik nog eens over nadenken. We hebben dus de "Inleiding" waar we nu aan bezig zijn en dan zou ik los daarvan of daaraan gekoppeld, een FAQ met die tips (na update) van Prof. Folding willen samenvatten in 1 post (of toch tenminste niet zoveel als nu). Samen zou het topic dan terug "Inleiding & FAQ i.v.m. F@H" kunnen gaan heten. Een inhoudstabel om snel naar bepaalde tips te kunnen "springen", lijkt me wel handig.

QuarkSV schreef: Ik heb ook even zitten denken: kan er geen nieuw "sticky" topic gemaakt worden als "Inleiding en FAQ i.v.m. F@H"? In het topic van nu staan veel verouderde tips (gepost door ene Prof. Folding...) die ik misschien ook even zou kunnen "uitmesten" in die zin dat ik ze zou overlopen en enkel de relevante tips voor vandaag & de toekomst bundel in een algemene FAQ, die we dan posten onder (of misschien wel apart?) het nieuwe "sticky" topic... Hoe staan jullie t.o.v. dat idee?
 

Het is sowieso niet de bedoeling om een verouderde faq en de vernieuwde versie naast elkaar te laten bestaan. Zodra er onderdelen definitief verbeterd zijn kan ik die vervangen. 
 
Of als alternatief dat we een compleet nieuwe bouwen Ik kan je vervanging voor de startpost die je hierboven schreef samen met al wat volgt afsplitsen naar een nieuwe topic. 
 

  Het lijkt me ook handig dat die tips eens allemaal in één of een paar (of toch ten minste niet in zoveel verschillende zoals nu) bericht(en) komen te staan.
 

 

Dat nou juist weer niet: dat wordt een énorme lap tekst. Ik zou ervoor zijn om de huidige structuur (een post per "paragraaf") te handhaven. Vanwege de toegankelijkheid hebben we dat met veel microcursussen ook al gedaan, dwz bestaande lange teksten opgesplitst.  

QuarkSV schreef: @ Kravitz & Jan vdV
 
Zijn er dingen die zeker nog gewijzigd moeten worden (suggesties, ...)? Zaken die goed zijn en mogen blijven zoals in mijn vorig bericht?

Ik denk dat we eens kritisch moeten kijken naar de omvang: bij mijn huidige scherminstellingen moet ik 6 schermen doorscrollen voor de introductie, dat vind ik nogal veel. Willen we niet teveel vertellen? Of teveel tegelijk? Kunnen afbeeldingen kleiner? Tekst laten doorlopen naast (kleinere) afbeeldingen? (kan via tabelcodes) 
 
Verder wil ik de nodige afbeeldingen en liefst ook nodige filmpjes  liever op onze eigen server hosten, in plaats vanm als bijlage of youtubelink invoegen. Maar dat soort dingen heb ik nog niet gedaan binnen de recent geüpdate software. Dat moet ik eerst eens even gaan uitzoeken.... 

Misschien is het mogelijk om de gehele eerste paragraaf (wat is distributed computing?) weg te laten en dat in een paar zinnetjes (zo kort en beknopt mogelijk) samen te vatten onder de paragraaf van "Folding@Home"... Op die manier korten we dus al een beetje in... De andere stukjes vind ik wel al kort en beknopt en toch allemaal vrij noodzakelijk om er bij te staan...
 
In het begin van de post kunnen we misschien een soort "inhoudstafel" aanmaken die titel per titel linkt naar de titels in het topic? (ik weet alleen niet of dit mogelijk is als we de "Inleiding" als 1 post gaan posten) Ik ga akkoord met Jan vdV, de tips van die Prof. Folding in oude topic kunnen we dan in hetzelfde topic als afzonderlijke berichten posten (en werken met links in een 'inhoudstabel'), maar ik zou de "Inleiding" (dus de eindversie van het eerste bericht in dit topic) wel als 1 geheel bericht posten.
 
Ik zal binnenkort kijken om de afbeeldingen op de server van WSF te plaatsen i.p.v. Tinypic. De tekst zal ik dan met de suggesties van Kravitz ook in één keer bewerken/aanpassen.
 
PS: het lijkt me inderdaad ook best om het oude topic volledig te verwijderen en dan het nieuwe (resultaat van dit topic hier) als sticky te maken.

Oké, ik heb dit topic even in de koelkast moeten steken omdat het wat te druk werd met andere bezigheden, maar ik heb de laatste tijd wat zitten denken erover.
 
In de eerste herwerkte versie staat er inderdaad gewoonweg teveel informatie (opmerking Jan). Ik stel voor om het stuk van "Distributed Computing" te schrappen. Ook het filmpje met daarin de simulatie van het vouwen van een eiwit is niet nodig, volgens mij. De printscreens van de software (interface) zijn ook niet echt nuttig dus die zou ik ook verwijderen.
 
De topics: - Folding at Home; -Waarom vouwen eiwitten?; -Samenhangende ziektes; -Hoe kan JIJ bijdrage leveren? en -Nuttige links & Statistieken (+ gegevens over WSF-team) zou ik overhouden. Het filmpje "ter overtuiging" zou ik ook laten staan.
 
Suggesties/ideeën/bemerkingen?
 
Ik zal ook de tekst nog eens wat herwerken (ik ben precies niet zo tevreden van mijn oud werk). De afbeeldingen zal ik proberen zelf te maken zodat we niet met dat copyright issue zitten.
 
Verder heb ik ook nog een vraag/voorstel: zou het mogelijk zijn om in de Nieuwsbrief een oproep te lanceren naar iedereen van WSF toe om de draad terug op te pikken? Dat kan al een begin zijn om het onderwerp terug in de aandacht te brengen. Uiteraard pas wanneer dit topic afgewerkt is en alle informatie terug up to date is.

QuarkSV schreef:  
Verder heb ik ook nog een vraag/voorstel: zou het mogelijk zijn om in de Nieuwsbrief een oproep te lanceren naar iedereen van WSF toe om de draad terug op te pikken? Dat kan al een begin zijn om het onderwerp terug in de aandacht te brengen. Uiteraard pas wanneer dit topic afgewerkt is en alle informatie terug up to date is.

die ga ik sowieso te bestemder plaatse brengen. 
Voor de rest komende weken geen tijd me hierin te verdiepen, sorry.