In de tweede uitgave van “En dan is er Java” zijn enkele belangrijke aanpassingen doorgevoerd: de event-handling is nu in lijn met het event-model van Java 1.1, er zijn diverse nieuwe onderwerpen toegevoegd en de volgorde van bepaalde onderwerpen is aangepast. De nieuwe toevoegingen omvatten: het ontwikkelen van applicaties, exception handling, streams, geluid en UML-diagrammen. De thema’s selecties en iteraties worden in deze editie eerder behandeld en er is meer aandacht besteed aan algoritmiek. Daarnaast is de tekst op vele plekken verbeterd.