Aan het begin van de Tachtigjarige Oorlog was de stad onder Spaanse controle. Op 6 april 1572 bevrijdde Vlissingen zich als tweede stad, na Den Briel, van de Spaanse overheersing [2]. In tegenstelling tot Den Briel gebeurde dit niet door de geuzen, maar door de inwoners van Vlissingen zelf. In 1585 kwam Vlissingen onder Engels gezag: koningin Elizabeth ontving de stad, samen met Oostende, Brielle en Fort Rammekens, als onderpand in ruil voor militaire en financiële steun tegen Spanje. Dit gebeurde in het kader van het Verdrag van Nonsuch [3]. In 1616 werden deze gebieden teruggegeven aan de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden. Onder Napoleon, voordat hij heel Nederland annexeerde, viel Vlissingen ook kort onder Franse heerschappij vanwege het Verdrag van Fontainebleau. In die periode behoorde de stad niet tot het Koninkrijk Holland, zoals een groot deel van het huidige Nederland, maar maakte het deel uit van het arrondissement Eeklo in het Scheldedepartement. Vlissingen werd zwaar getroffen door de watersnoodramp van 1808.