vraagje over knip-enzymen

[likos]

hallo, ik zit met een vraagje:

Het gaat over de enzymen EcoI en RecI als deze het DNA gaan knippen ontstaan er 2 bandjes bij electroforese. Maar als deze worden samengevoegd (dus EcoI+RecI) ontstaan er maar 3 bandjes (waar misschien 4 werden verwacht) hoe is dit te verklaren??

Ik hoop dat iemand mij hiermee kan helpen!! Groetjes

[Bas]

Je zult iets specifieker moeten zijn: hoe groot is het DNA-fragment en wat was de opdracht?

[likos]

Dat werd verder niet verteld. Het is volgens mij een verzonnen extra opdracht om extra punten te kunnen verdienen. Er werd alleen aangegeven dat als je je sample met EcoRI na electroforese onder UV licht gaat bekijken, je twee banden kunt zien. Hetzelfde geldt voor RecI. Nu werd er gezegd dat als je een sample had met beide stoffen, onder het licht drie banden zichtbaar zijn (waar je er vier (2+2)zou verwachten). Nu is dan de vraag hoe je dit kan verklaren.

[Mrtn]

Er zouden twee fragmenten kunnen ontstaan die té veel op elkaar lijken om te scheiden met de methode die wordt beschreven (concentratie gel bv) en dus als één bandje uitkomen. Of (onwaarschijnlijk?) ze hebben misschien eenzelfde herkenningssequentie?

[Lala]

hier wordt uitgegaan van 1 lineaire DNA-streng, dan zou het electroforese-patroon wel kloppen. Bij een plasmide (circulair stuk DNA) zou het er anders uitzien.

Lineair stuk DNA geeft na knippen met EcoR1 2 bandjes: conclusie is dat er 1 knipplaats aanwezig voor EcoR1

idem Rec1.

Die knipplaatsen zitten op verschillende plaatsen t.o.v. elkaar. Daardoor krijg je 3 bandjes als je met beide enzymen gaat knippen. Dat je 4 bandjes verwacht moet je me toch eens uitleggen. Hierbij ga ik dus van een LINEAIR stuk DNA uit!

Bij een plasmide zouden er voor 2 bandjes ook 2 knipplaatsen aanwezig moeten zijn voor beide enzymen. Als je dan met beide enzymen tegelijk gaat knippen, krijg je idd 4 stukken DNA, er wordt alleen niet veteld hoe lang die stukken zijn. Als ze evenlang zijn (daar zit nog een aardige overlap op), kunnen ze heel goed in hetzelfde bandje zitten. Om dat wel te scheiden kan je de gel langer laten electroforeren.Wat ook mogelijk is dat er multiple cloning site aanwezig is, met de 2 knipplaatsen vlak naast elkaar. Dan krijg je dus maar 3 bandjes.

[Mrtn]

Kleine toevoeging: als ik me niet vergis hebben alle bacterien circulair DNA.

[likos]

hier wordt uitgegaan van 1 lineaire DNA-streng, dan zou het electroforese-patroon wel kloppen. Bij een plasmide (circulair stuk DNA) zou het er anders uitzien.

Lineair stuk DNA geeft na knippen met EcoR1 2 bandjes: conclusie is dat er 1 knipplaats aanwezig voor EcoR1

idem Rec1.

Die knipplaatsen zitten op verschillende plaatsen t.o.v. elkaar. Daardoor krijg je 3 bandjes als je met beide enzymen gaat knippen. Dat je 4 bandjes verwacht moet je me toch eens uitleggen. Hierbij ga ik dus van een LINEAIR stuk DNA uit!

Bij een plasmide zouden er voor 2 bandjes ook 2 knipplaatsen aanwezig moeten zijn voor beide enzymen. Als je dan met beide enzymen tegelijk gaat knippen, krijg je idd 4 stukken DNA, er wordt alleen niet veteld hoe lang die stukken zijn. Als ze evenlang zijn (daar zit nog een aardige overlap op), kunnen ze heel goed in hetzelfde bandje zitten. Om dat wel te scheiden kan je de gel langer laten electroforeren.Wat ook mogelijk is dat er multiple cloning site aanwezig is, met de 2 knipplaatsen vlak naast elkaar. Dan krijg je dus maar 3 bandjes.

Ok!! Ik begrijp m! bedankt voor het antwoord!!

[robo]

Een andere mogelijkheid is dat twee kniplaatsen zo dicht op elkaar zitten dat het fragment zo klein wordt dat het snel door de gel heen loopt en er is afgelopen.