Amplificatie leidt tot kleiner fragment?

[kuiken]

Ik zoek dringend een antwoord op volgend probleem:

Ik amplificeer het genomisch DNA en het overeenkomstige cDNA van een bepaald huishoudgen met bepaalde primers. Als resultaat krijg ik een genomisch dna fragment dat kleiner! is dan mijn cdna! (Geen andere banden). Wat is hier de verklaring voor? Het heeft waarsch. iets te maken met pseudogenen en primers die op exon/intron boundaries gelegen zijn of zo, maar ik kan er geen goeie uitleg aan geven.

Enige hulp zou zéér welkom zijn!

rwwh: Bedenk de volgende keer even een duidelijke titel. Titels als "vraag" of "project" zijn zo nikszeggend.

[Gideon]

Ik denk dat dit des te meer te maken heeft met het splicen van het huishoudgen, heb je hier info over? Dat je primers annealen op exon/intron boundaries lijkt me sterk, dan zou je bij je cDNA amplificatie namelijk geen product verwachten.

[rwwh]

[learn]Wat is een huishoudgen? Heb ik daar meer van nodig in de lente om mijn huis schoon te maken?[/learn]

[Roy van Heesbeen]

Genen die constant worden afgelezen en in alle cellen voorkomen, zoals genen voor de energiehuishouing in de cellen

[Gideon]

Wanneer strak aangehouden zijn huishoudgenen inderdaad betrokken bij het onderhoud in een cel: waaronder genen voor cytoskelet eiwitten (bijv. beta-actine, tubuline).

Zo'n huishoudgen is belangrijk in quantitatieve metingen, het wordt gebruikt als normalisatie in het meten van expressiewaardes. Toch blijken veel huishoudgenen tussen verschillende celtypes en in verschillende condities wel degelijk gereguleerd te worden en wordt huishoudgen een vager begrip.

Daarom kan, zeker bij mRNA quantificatie (RT-QPCR), in principe elk transcript dienen als huishoudgen, zolang de expressie maar vrijwel constant is tussen de verschillende samples.