Ik zou zeggen dat het verschil zit in het gebruik, western blot gebruik je meestal kwalitatief en elisa voornamelijk kwantitatief.
Op een westernblot kun je zien of er verschillende eiwitten zijn met dezelfde epitopen die door hetzelfde antiserum herkend worden maar het kwantificeren gaat hooguit semikwantitatief
Een elisa maakt geen onderscheidt tussen verschillende eiwitten met identieke epitopen maar kan goede kwantitatieve waarden geven.