Structuur van een receptor

[Mimi93]

Hallo,

Voor mijn studie Farmacie ben ik op zoek naar de chemische structuur van een receptor (GABAa receptor). Waar zou ik zoiets kunnen vinden(boeken, sites e.d.)? Googelen en een farmacologie boek levert niet meer op dan dat het uit een paar subunits bestaat, maar ik ben op zoek naar de structuur. (om uit te kunnen zoeken waar een farmacon kan binden).

[Orgsyn]

Heb je al in papers gezocht? (google scholar, scifinder etc)

[murru]

De Protein Data Bank is hiervoor het meest geschikt (Link). Je hebt dan wel een programmatje zoals VMD nodig om de structuur te kunnen analyseren (Link).

[Mimi93]

Bedankt! Dit is een heel mooie databank idd en het VMD porgramma is ook erg handig. Helaas zit 'mijn' receptor er niet tussen .

Zijn er nog meer van dit soort databanken?

[murru]

Dit is naar mijn weten de grootste databank. Het lijkt mij erg sterk dat er geen GABA-a receptor tussen zit, en als je geluk hebt is er zelfs eentje met een bindend farmacon erbij. Zoek je wel goed?

[Mimi93]

Ja, maar ik krijg dan GABARAP en die is anders denk ik.

[murru]

Na 2 minuten zoeken vond ik dit artikel, wat waarschijnlijk meer dan genoeg informatie bevat. Het verwijst naar deze structuur, wat volgens hen als model gezien kan worden voor de GABA-a receptor. Succes.

[Mimi93]

Dankjewel, maar ik begrijp niet hoe ik met die structuur de binding site kan vinden. Het enige wat ik hieruit kan halen is dat de binding site tussen de alfa en de gamma subunit in zit. Van die subunits heb ik wel de volgorde van de aminozuren maar hoe kan ik dan vinden hoe die gevouwen is?

[murru]

Heb je het artikel al bekeken..?

[Mimi93]

Ja, lees ik ergens overheen? Het gaat om de binding site van de benzodiazepine. Ik weet dat die bind op het grensvlak dan de alfa en gamma unit.

[murru]

Als je naar beneden scrollt in het artikel zie je een modelstructuur weergegeven met de subunits erbij gezet (Figuur 4). Daarnaast stuurde ik eerder al een modelstructuur uit de Protein Data Bank. Als ik verder benzodiazepine + GABA-a google krijg ik 1500000 resultaten, waaronder bijvoorbeeld dit en dit. Ik snap niet zo goed wat je nog meer wilt.