[Folding] Doe Mee Met Het Team Van Folding@wetenschapsforum.nl

[goldsteen]

Zet de bloemen voor de volgende jubilaris maar weer klaar Jan.

De 54e vouwster Cleopatra.

[Cycloon]

Bijna rank 1000 en bijna 1000 WU afgerond, wel toevallig

[mauricen]

Ik heb me ook maar even ingeschreven. morgenvroeg is de eerste WU klaar

[Jan van de Velde]

Ik heb me ook maar even ingeschreven.

Welkom, en het goede voorbeeld voor nog vele anderen.......

[kasper90]

Ik doe mee!

[goldsteen]

mauricen 55, kasper90 56.

Dat telt lekker door zo !

[kasper90]

70/5000

5 september 2006 eerst WU af

[Cycloon]

Jah, die geeft vaak wel rare tijden als dit net aan staat, laat hem even een uurtje of 2 doen en dan krijg je een meer correcte tijd.

[kasper90]

Hij is nu inderdaad opeens op vrijdag al af

[Jan van de Velde]

Jah, die geeft vaak wel rare tijden als dit net aan staat, laat hem even een uurtje of 2 doen en dan krijg je een meer correcte tijd.

Die "klaar"tijd wordt berekend aan de hand van de snelheid waarop hij op DAT moment een frame afwerkt. Heeft je CPU zojuist hard gewerkt aan iets anders dan eiwitten, dan bleef er weinig cpu-tijd over voor eiwitten, en constateert het programma een lange frame-tijd, en dus ook een navenant vertraagd "klaar"tijdstip. En iedere keer als het programma opstart is ie even bezig om de weg te vinden, en lijkt alles ook langer te duren.

[Jan van de Velde]

Niet dat ik over punten wil zeuren of zo, lees het volgend aub niet als zodanig. Maar wat ik mij afvraag is of alle systemen (gromacs, tinker etc) op alle computers wel even lekker draaien. Het is me al eerder opgevallen, maar nu eventjes erg duidelijk. Mijn vorige eiwit kende 500 frames. Mijn computer werkte elk frame af met een snelheid van ca 5 minuten per frame. Ik kreeg er ongeveer 150 punten voor. dat is dus één punt voor (5 x 500)/153 16,5 minuten.

Nu draai ik een ander eiwit. 5000 frames, mijn computer draait ongeveer 50 sec/frame, 193 punten. Dat is ongeveer 21,5 minuten per punt.

Kan dat chiptechnisch kloppen dat dat soort verschillen (bijna 25 %) verklaarbaar zijn? Ik neem toch aan dat je wordt beloond aan de hand van aantallen berekeningen, die ik nu even koppel aan rekentijd.......?

[dr. E. Noether]

De snelheid waarmee WU's (Work Units) worden afgewerkt is inderdaad afhankelijk van het systeem waarop folding@home wordt gedraaid (processor, besturingssysteem). Per project wordt deze snelheid uitgedrukt in PPD/GHz, dat is: ''Points Per Day per GHz''. Voor elk type systeem is deze score verschillend. Onderstaande site bevat een redelijk uitgebreide database. Deze database kunt ook u vullen met gegevens over de snelheid waarmee uw systeem WU's afhandelt. Ook via google komt u gemakkelijk terecht op fora waar deze scores of gelijkwaardige zijn gegeven (b.v. tijd per frame).

http://fahinfo.org/?avgscores=true&offset=0&sort=pna

Voor deze site even snel een rekenvoorbeeldje: Stel u hebt een systeem met een Intel Pentium D Smithfield 2.8Ghz (ik zeg zomaar wat hoor). We vinden in de tabel bij project 1163 (even bladeren of zoeken in de database, dat is een Tinker: 241 punten, 400 frames) dat uw systeem dit project oplevert bij 40,78 PPD/GHz. Een opbrengst van dus 2.8*40,78 = 114,18 PPD (punten per dag als ie 24/7 draait). De Tinker is 241 punten, d.w.z. dat het project opgeleverd wordt in 241/114,18 = 2,11 dagen. Oftewel rekentijd/#frames = (2,11*24*3600)/400 = 455 seconden/frame, dat is: 7 minuten en 35 seconden/frame.

Helaas krijgt een bepaald systeem meestal niet de optimale WU's toegewezen. Als er op een gegeven moment nare WU's worden uitgedeeld (lees: uw systeem 'moeite' heeft deze door te rekenen), kunt u overwegen tijdelijk i.p.v. standaard werk, uitsluitend deadlineless WU's te draaien omdat deze misschien op uw systeem een goede PPD/GHz neerzetten. Ook kunt u uw folding configureren om grotere WU's te kunnen ontvangen die veelal meer score opleveren. Voorwaarde is dan wel dat het systeem voldoende en snel werkgeheugen heeft. Nadeel is dat deze WU's nog wel eens instabiel zijn en voortijdig kunnen worden afgebroken. In dat geval ontvangt u het aantal punten evenredig met de vordering van de WU, zogenaamde ''partial points''.

Als antwoord op uw vraag: Ja, als uw systeem veelal standaard WU's afhandeld, is het dus juist heel waarschijnlijk dat de scores nogal uiteenlopen.

Ook las ik hierboven tegen dat de rekentijd per frame nogal zou schommelen, de ene keer duurt het zogenaamd nog 2 dagen voordat de WU af is, en op een ander moment maar liefst een jaar ofzo. Dit heeft, zoals reeds verklaard, te maken met het volgende. Als je het programma opstart staat er standaard een bewerkingstijd van, ik vermeen, 30 minuten per frame. Nu 2 gevallen (althans ik geloof dat het ongeveer zo werkt):

1. De WU bestaat uit 'losse' frames (dat is veelal 400 (Tinker) en 500). Dan staat er eerst die 30 min/frame en als er 1 frame is gedaan verandert dit meestal direct naar de echte tijd per frame, b.v. 7 minuten en 35 seconden/frame (zoals in het voorbeeld boven);

2. De WU bestaat uit 'bosjes' frames (b.v. in totaal 10.000 frames opgedeeld in 100 bosjes van elk 100 frames). Stel nu dat een echt frame (dus 1 van de 10.000), zeg 19 seconden duurt. Dan is een bosje dus 19*100 = 1900 seconden = 31,7 minuten groot. Dan staat er eerst die 30 minuten/frame en pas na 31,7 minuten verandert dit naar 19 seconden/frame.

Vanzelfsprekend als b.v. mediaplayer draait (vreet blijkbaar CPU) dan gaat de tijd per frame behoorlijk omhoog, b.v. van 19 seconden naar 26 seconden.

[Jan van de Velde]

[Jan van de Velde]

Joepie, mijn pentium-II heeft zijn eerste eiwitje ingeleverd.

Daar is ie maar sinds begin februari of zo mee bezig geweest.......

[Ger]

Doch wederom een nuttige bijdrage aan een beteren wereld