Graag gedaan!  :P

Heel erg bedankt voor uw tijd! Door uw uitleg en de filmpjes heb ik een veel beter beeld over hoe de DNA-replicatie nu daadwerkelijk in elkaar zit. 

Klopt volledig!
 
Eigenlijk is het nog iets ingewikkelder (en dat staat terecht in weinig middelbare school boeken). In realiteit vormen beide DNA-polymerases en het helicase vormen een complex waarbij alle componenten aan elkaar vast plakken. Ze zitten dus niet op afzonderlijke posities zoals in bovenstaande figuur, maar vormen één grote eenheid. Als gevolg hiervan gaat de mooie 2 dimensionale "Y"-vorm zoals opnieuw te zien in bovenstaande figuur niet helemaal op. In plaats daarvan krijg je een ingewikkelde 3D spaghetti waarbij strengen onder hoeken het complex in en uit gaan.
 
Op het einde van het eerste filmpje tonen ze al een kort beeld waarin de twee polymerases aan elkaar vasthangen. Voor het overzicht wordt het helicase zelfs niet getoond.
 
Als je een smaakje wil hebben van hoe het er echt aan toe gaat, dan heb ik nog dit filmpje voor je ;).
 
http://www.youtube.com/watch?v=OnuspQG0Jd0
Bron: YouTube - Masteringbiology.com - Pearson Education
 
Niettegenstaande dat het complexe model de realiteit weergeeft zoals we die nu kennen kan je met het "Y"-vormige model zogoed als alles verklaren. Vandaar dat dit ook in de meeste boeken beschreven staat.

Heel erg bedankt voor de uitgebreide reactie. Het is me allemaal veel duidelijker geworden.
Tot slot nog een klein vraagje:
 
Ik dacht altijd dat het enzym helicase de waterstofbruggen tussen de nucleotideketens verbreekt en dat dan pas DNA-polymerase tevoorschijn komt. Nu ik de twee filmpjes heb bekeken, is het volgens mij zo dat helicase en DNA-polymerase tegelijkertijd aan het werk zijn. Mijn vermoeden wordt volgens mij bevestigd door deze afbeelding (gehaald uit het eerste filmpje). Klopt het dat ze als het ware samen bezig zijn en niet om de beurt? 
 
[img]http://oi58.tinypic.com/jkf1ck.jpg[/img]

[quote="JelmerMVL"]Primase zorgt dus voor een primer, zodat DNA-polymerase weet waar hij moet beginnen met het repliceren van het DNA.[/quote]
Klopt! 

 
[quote="JelmerMVL"]De primer kan dan tegenover het DNA een klein stukje RNA maken. Maar dan vind ik het nog steeds merkwaardig dat er RNA wordt aangemaakt. We zijn immers 'bezig' met het repliceren van DNA. Het is toch niet zo dat achter dat RNA (van de primer) DNA wordt gemaakt? Dan zou DNA en RNA achter elkaar in één keten terechtkomen. Dat zal niet gebeuren, denk ik?[/quote]
De eerste zin klopt niet helemaal, de primer [i]is[/i] het stukje RNA. Primer komt van het Engelse werkwoord 'to prime' wat wil zeggen klaarmaken of voorbereiden. De primer (het RNA stukje dus) wordt gesynthetiseerd complementair aan een stuk ontwonden DNA door een eiwit dat we primase noemen.
 
Wat het vervolg betreft heb je wel gelijk. Op de lagging strand wordt DNA gekopieerd via [b]DNA-polymerase 3[/b] tot aan de voorgaande RNA-primer. Op die positie kan het polymerase niet meer verder aangezien er een klein stukje RNA in de weg zit. De nieuw gevormde streng bestaat dus uit grote stukken dubbelstrengig DNA en lokale stukjes die (tijdelijk) een combinatie van DNA en RNA bevatten. Die stukjes noemen we een [b]DNA/RNA duplex[/b].
 
De combinatie van DNA en RNA wordt herkend door het enzym [b]RNase H[/b]. Dit enzym is in staat om het RNA te verwijderen waardoor je opnieuw een enkelstrengig stukje DNA krijgt. Eenmaal het RNA verwijderd is kan [b]DNA-polymerase 1[/b] gemakkelijk de gaatjes opvullen. Merk op dat er ditmaal geen probleem is met de start van replicatie, het polymerase kan immers de voorgaande, reeds gekopieerde, basen "zien".
 
Tot slot worden de uiteinden het nieuwgevormde stukje DNA gelinkt aan het reeds dubbelstrengige gedeelte d.m.v. het enzym [b]DNA ligase[/b].
 
Hier vond ik nog een filmpje die het hele proces wat beter visueel kan tonen. In het filmpje gaan ze ook wat kort door de bocht door te zeggen dat de RNA primer wordt verwijderd door RNA-polymerase 1, maar dat is dus niet helemaal correct. Spoel door naar 1m42s of klik [url=http://youtu.be/dKubyIRiN84?t=1m42s]deze link[/url].
 
http://www.youtube.com/watch?v=dKubyIRiN84
 
 
 

Het wordt me steeds duidelijker.
 
Primase zorgt dus voor een primer, zodat DNA-polymerase weet waar hij moet beginnen met het repliceren van het DNA.
De primer kan dan tegenover het DNA een klein stukje RNA maken. Maar dan vind ik het nog steeds merkwaardig dat er RNA wordt aangemaakt. We zijn immers 'bezig' met het repliceren van DNA. Het is toch niet zo dat achter dat RNA (van de primer) DNA wordt gemaakt? Dan zou DNA en RNA achter elkaar in één keten terechtkomen. Dat zal niet gebeuren, denk ik?
 
[quote="Kravitz"]
 
P.S.: ik vind het een beetje vreemd dat er niet over gesproken wordt, op die manier kan je veel van de realiteit weglaten...
[/quote]
 
 
Ik heb even mijn biologieboek erbij gepakt om te controleren of er echt [i]niets[/i] over de primer wordt uitgelegd (had gekund dat ik het me simpelweg niet meer kon herinneren). Onder het kopje 'DNA-replicatie' in het laatste boek van de bovenbouw (vwo), wordt met geen woord over de primer gesproken, laat staan dat er iets over wordt uitgelegd. De makers willen het kennelijk niet te ingewikkeld maken, maar door het achterhouden van dat soort informatie wordt het juist onduidelijker. Ach, gelukkig bestaat dit forum  :D

Graag gedaan! :D
 
Wel, het punt is dat een DNA-polymerase niet zomaar kan starten. Een DNA-polymerase moet als he ware de voorgaande base kunnen "zien". Bij de start van de replicatie is dat dus niet mogelijk, want er is geen voorgaande base.
 
Dit probleem wordt handig opgelost door gebruikt te maken van het enzym Primase (een RNA-polymerase). Primase kan in tegenstelling tot DNA-polymerase gewoon [i]de novo[/i] een klein stukje complementair RNA synthetiseren zonder dat het de voorafgaande base moet "zien". In praktijk is dat stukje RNA (ook wel de RNA-primer genoemd) maar een 10 tal nucleotiden lang.
 
Eenmaal dat stukje RNA er staat kan het DNA-polymerase van start gaan.
 
P.S.: ik vind het een beetje vreemd dat er niet over gesproken wordt, op die manier kan je veel van de realiteit weglaten...

Allereerst onwijs bedankt voor de duidelijke uitleg en de link naar het filmpje!
 
Ik heb nog wel een paar vragen.
 
In mijn biologieboek wordt het woord 'primer' niet gebruikt. Ik heb het even opgezocht en het is dus het stukje op het DNA dat als startpunt voor de DNA-polymerase wordt gebruikt (in het filmpje steeds groen weergeven). U hebt het echter over een RNA-primer, terwijl er toch helemaal geen RNA wordt gevormd tijdens de DNA-replicatie? Kunt u dat uitleggen?

[quote="JelmerMVL"]Jaffaa, u zegt dat DNA-polymerase het DNA alleen kan aflezen van 3' naar 5', maar ik heb altijd geleerd dat DNA en mRNA van 5' naar 3' wordt gemaakt. Hoe zit dat precies?[/quote]
Ik zal met deze vraag beginnen. Het DNA-polymerase leest de originele basen af van 3' naar 5', maar het synthetiseert de nieuwe streng complementair hieraan. Bijgevolg wordt de nieuwe streng altijd gevormd van 5' naar 3'.

 
[align=center][attachment=0]dna-replication-3.png[/attachment]

 
Bron: Biochemhelp.com[/align]
 

 
[quote="JelmerMVL"]Er heerst nog steeds verwarring bij mij. Bij de DNA-replicatie op de 'leading strand' ontstaan er geen Okazaki-fragmenten, omdat DNA-polymerase in één keer door kan en daarmee de vrije nucleotiden in het kernplasma aan de vrijgekomen nucleotiden kan binden.

Bij de 'lagging strand' ontstaat er echter een 'probleem', waardoor Okazaki-fragementen ontstaan. Waarom is mij niet duidelijk. Moet de DNA-polymerase als het ware wachten op het enzym dat de waterstofbruggen verbreekt en er niet, net zoals bij de 'leading strand' achteraan kan wandelen?[/quote]
Bekijk goed bovenstaande figuur. Bij de leading strand wordt één RNA primer gevormd en daarna kan het DNA-polymerase van start gaan. Het polymerase beweegt in de richting van het helicase (naar het 5' einde van de originele streng) en als gevolg hiervan kan het altijd blijven kopiëren en is er geen nood aan een extra primers. Het DNA wordt immers steeds vlak voor het polymerase uit elkaar getrokken door het helicase.

 

Bij de lagging strand gebeurt net het omgekeerde en beweegt het DNA-polymerase weg van het helicase. Het DNA-polymerase kan dus een stukje kopiëren, maar zodra het helicase opnieuw een stukje DNA gaat ontwinden moet het in feite opnieuw beginnen en daarvoor is een extra primer nodig.

 

Op YouTube vond ik ook nog dit filmpje. Het gaat vrij traag, maar het is wel duidelijk.

 

http://www.youtube.com/watch?v=vNXFk_d6y80

 

Als je vragen hebt laat je het maar weten!

Toch nog even een aanvulling op mijn vorige post van alweer een tijdje geleden.
 
Er heerst nog steeds verwarring bij mij. Bij de DNA-replicatie op de 'leading strand' ontstaan er geen Okazaki-fragmenten, omdat DNA-polymerase in één keer door kan en daarmee de vrije nucleotiden in het kernplasma aan de vrijgekomen nucleotiden kan binden.
Bij de 'lagging strand' ontstaat er echter een 'probleem', waardoor Okazaki-fragementen ontstaan. Waarom is mij niet duidelijk. Moet de DNA-polymerase als het ware wachten op het enzym dat de waterstofbruggen verbreekt en er niet, net zoals bij de 'leading strand' achteraan kan wandelen?
 
Jaffaa, u zegt dat DNA-polymerase het DNA alleen kan aflezen van 3' naar 5', maar ik heb altijd geleerd dat DNA en mRNA van 5' naar 3' wordt gemaakt. Hoe zit dat precies?

Dus als ik het goed begrijp spreek je over de coderende streng en templatestreng als je het hebt over translatie en over de leading en lagging strand wanneer het gaat over DNA-replicatie?

[quote='JelmerMVL' time='1392047822' post_id='989638']

Volgens mij heb ik het niet in de minicursus kunnen vinden, dus vandaar dat ik mijn vraag even hier stel.

Er wordt ook weleens onderscheid gemaakt tussen de leading en de lagging strand. Kan ik zeggen dat de leading strand ook wel de templatestreng is (van 5' naar 3') en de lagging strand ook wel de coderende streng (van 3' naar 5')?

[/quote]

Leading en Lagging strand heeft te maken met het feit dat bij de lagging strand steeds kleine stukjes DNA gesynthetiseerd (okazaki fragmenten) worden en de leading strand in principe in 1 keer gesynthetiseerd kan worden door DNA polymerase. Dit vanwege het feit DNA polymerase DNA alleen kan aflezen van 3' > 5' waardoor een 5' > 3' nieuwe strand onstaat.

Volgens mij heb ik het niet in de minicursus kunnen vinden, dus vandaar dat ik mijn vraag even hier stel.

Er wordt ook weleens onderscheid gemaakt tussen de leading en de lagging strand. Kan ik zeggen dat de leading strand ook wel de templatestreng is (van 5' naar 3') en de lagging strand ook wel de coderende streng (van 3' naar 5')?

[quote][b]Alleen lijkt het me misschien een idee om de cursus een beetje uit te bouwen?[/b][/quote]

Dat is ook wel degelijk de bedoeling. Punt is dat het voor de mensen die dat zouden kunnen niet meevalt om er voldoende tijd voor te vinden. :eusa_whistle: We weten intussen uit ervaring dat zo'n cursusje niet op een regenachtige zondagnamiddag in elkaar zit én wat waard is.

Zou je een poging willen wagen, al is het maar paragraaf voor paragraaf, dan gaan we zeker op dat aanbod in. Meelezers en commentaar-leveraars zijn wel beschikbaar. Maar publiceren doen we pas als we menen dat het inderdaad wat toevoegt aan wat links en rechts op internet te vinden is.

We kunnen deze discussie eventueel per PB afmaken?

Groet, Jan van de Velde

Minicursuscoördinator.

Ik heb dit allemaal in 4VWO geleerd met biologie, maar het probleem is bij mij dat het meestal nogal snel wegzakt.

Bij Biologie [mijn lievelingsvak] is dit meestal niet het geval, maar toch dacht ik; Laat ik het nog eens allemaal doornemen. Ik vond de minicursus echt goed. Ik had destijds beter van deze cursus dan van het boek kunnen leren, het staat hier heel helder en kort maar krachtig in.

[b]Alleen lijkt het me misschien een idee om de cursus een beetje uit te bouwen?[/b]

- De ribosomen die export eiwitten maken zitten aan het ER en het golgi-systeem en deze veranderen het eiwit nog weer, hoe gaat dat precies?

- Deze worden dan ook verpakt in speciale blaasjes?

- Hoe werkt het precies met mutaties in de genen? Genmutatie/chromosoommutaties > Tumor

- Virussen die de gastheercel overnemen en nieuw DNA maken?

- Gentherapie

Dit staat allemaal heel kort in mijn boek genoemd zonder verdere uitleg. Hier ben ik wel erg nieuwsgierig naar.

[i]Ik wil hier ook wel aan meewerken[/i], maar ik ben een 5VWO scholier met weliswaar een 8,4 voor biologie [i]maar ik weet niet of mijn uitleg (als ik er wat over kan vinden) wel goed genoeg is voor dit forum..[/i]