[folding] multicore vouwen

[Rexxar]

Hallo, normaal vouw ik onder de naam van een familielid, maar nu ik een goede en snelle computer heb ga ik in mn eentje vouwen. Nu ben ik op zoek geweest naar multicore vouwen, en daarbij stond dat je versie 5.04 nodig hebt, maar ondertussen zitten we al aan versie 6.23. Kan ik die ook gebruiken voor multicore vouwen en moet ik dan dezelfde instellingen gebruiken als er beschreven staat in het faq gedeelte over folding?

[Rexxar]

Ik heb gedaan zoals het in de faw stond, en voor zover ik weet werkt het. Ik heb folding nu 4 keer draaien. betekend dat gelijk dat ik over 4 cores aan het vouwen ben?

Ik kon trouwens niet instellen hoeveel werkgeheugen ik wilde gebruiken voor folding, waar zou ik dit kunnen instellen?

[Ger]

Ik heb gedaan zoals het in de faw stond, en voor zover ik weet werkt het. Ik heb folding nu 4 keer draaien. betekend dat gelijk dat ik over 4 cores aan het vouwen ben?

Ik ben alweer een tijdje uit het folding-gebeuren

Ik kon trouwens niet instellen hoeveel werkgeheugen ik wilde gebruiken voor folding, waar zou ik dit kunnen instellen?

Daarop moet ik je antwoord schuldig blijven.

[Rexxar]

ik heb wel op 4 cores gevouwen, maar ik zag maar progressie bij 1 foldingprogramma? dus maar even de andere 3 uitgeschakeld en terug op 1 core gaan vouwen.

Ik heb een Hexcore CPU (6x dus) dat ik bijvoorbeeld folding laat vouwen op de 2 cores die de computer niet zomaar gebruikt. Want net als games gebruikt hij nu de 2 prominente cores voor, dus dat ik de cores door folding laat gebruiken die mn pc als 'last resort' zou moeten gebruiken?

Ging het trouwens helemaal volgens de stappen in de FAQ, of kwam je in die nieuwe versie nog beren op de weg tegen? In dat geval moeten we misschien eens de FAQ gaan updaten. Het is alweer 3 jaar geleden dat we die schreven.

Ik moest een boel instellingen niet meer aanvinken of invullen. Alleen: Naam, Groep, welke client (voor 1 of meerdere cores) en CPU-gebruik. dus het is een stuk minder geworden qua instellingen.

[JonazzDJ]

Als 6 zes cores hebt kan je de SMP client eens proberen, deze gebruikt de verschillende cores samen in één project. Deze WU's hebben wel een zeer korte deadline, dus je PC zal wel redelijk lang moeten aanstaan om die deadlines te halen.

De GPU client al geprobeerd? Deze loopt los van de CPU/SMP client en levert ook een aanzienlijke bijdrage!

[Yoste]

Een hexacore, yihaa! Met 6 cores moet je gewoon de SMP-client draaien!

Ofwel vouw je met 4 standaard cpu-clients, zoals je al deed, ofwel vouw je met 1 SMP-client. Deze maakt automatisch gebruik van je cores op een efficiëntere wijze.

Als je cpu-power nodig hebt voor andere doeleinden, zoals bvb. voor games, zal de client zichzelf automatisch terugschroeven zodat de rekenkracht ter beschikking komt.

Om te bepalen hoeveel cores de client mag gebruiken, kun je de parameter -smp x toevoegen, met x het aantal cores dat je ter beschikking wilt stellen.

De deadline is best wel haalbaar, zeker met zo'n cpu, al hangt het natuurlijk wat van je computergebruik af.

De voorbije dagen (en nachten ) heb ikzelf ook de smp-client laten draaien, wat mij een ppd opleverde van om en bij 14.000. (Core i7 920 @ 3.8 Ghz)

De GPU-client is inderdaad een aanrader als je grafische kaart wat recent (= ik vouwde tot voor kort meer dan behoorlijk op een 2 jaar oude Nvidia 9800GX2) is. Dewelke huist er in jouw kastje?

Neem

... Ik heb een Hexcore CPU (6x dus) dat ik bijvoorbeeld folding laat vouwen op de 2 cores die de computer niet zomaar gebruikt. Want net als games gebruikt hij nu de 2 prominente cores voor, dus dat ik de cores door folding laat gebruiken die mn pc als 'last resort' zou moeten gebruiken?...

Dit snap ik niet volledig?

Verder nog een vraagje: om welke hexacore gaat het eigenlijk? Weet je of er hyperthreading mogelijk is? Anders zoek ik het wel even op, dit is van belang voor de instelling van de parameter -smp x.

Indien je vragen hebt, zeker stellen! ](*,)

[Ger]

@Yoste: in de Folding FAQ staat nog niets over de SMP client. Tegenwoordig is het haast standaard dat mensen meerdere CPU's tot hun beschikking hebben als ze een nieuwe computer hebben gekocht. Om die optimaal voor folding te benutten lijkt het me handig om het stuk over de multicore te updaten in de FAQ. Kun jij daar misschien iets over schrijven?

(Zou het zelf gaag willen maar zoals eerder gezegd: mijn kennis op dit vlak is wat roestig en verouderd)

[Yoste]

Heb een tijdje terug al gemeld dat ik de FAQ wel eens wou onder handen nemen, maar jammer genoeg is het er nog niet van gekomen.

Maar ik zal de komende tijd eens zoeken naar een gaatje ](*,)

[Rexxar]

ik vind het vreemd dat ik eergisteren geen vooruitgang zag toen ik 4 F@H's had draaien. start ik vandaag mn computer op en start de 4 F@H's, zie ik wel vooruitgang bij alle 4.

het werkt dus zoals het voor een groot deel beschreven staat: aparte mapjes maken voor elke folding@home en een andere workunit per programma invullen.

Ik weet alleen nog niet hoe het werkt met het inleveren van een eiwit, dat hoe ik jullie nog tegoed.

[nico]

Om te bepalen hoeveel cores de client mag gebruiken, kun je de parameter -smp x toevoegen, met x het aantal cores dat je ter beschikking wilt stellen.

Op de site met installatie instructies las ik dit:

I strongly suggest you enter the -smp -verbosity 9 flag here to make things easier to setup

Twee vraagjes:

1. Op een i7 930 met HyperThreading, vul ik dan -smp 8 in of ondersteund het geen ht en vul ik -smp 4 in?

2. Waarvoor staat de -verbosity 9 flag?

Ik heb net een nieuw pc'tje dus ik ga vanavond die smp-client eens proberen.

Alvast bedankt!

[nico]

Het schijnt te werken:

[15:09:46] *------------------------------*

[15:09:46] Folding@Home Gromacs SMP Core

[15:09:46] Version 2.22 (Mar 12, 2010)

[15:09:46]

[15:09:46] Preparing to commence simulation

[15:09:46] - Looking at optimizations...

[15:09:46] - Created dyn

[15:09:46] - Files status OK

[15:09:46] - Expanded 1799171 -> 2396877 (decompressed 133.2 percent)

[15:09:46] Called DecompressByteArray: compressed_data_size=1799171 data_size=23

96877, decompressed_data_size=2396877 diff=0

[15:09:46] - Digital signature verified

[15:09:46]

[15:09:46] Project: 6014 (Run 0, Clone 206, Gen 172)

[15:09:46]

[15:09:46] Assembly optimizations on if available.

[15:09:46] Entering M.D.

[15:09:53] Completed 0 out of 500000 steps (0%)

[15:13:52] Completed 5000 out of 500000 steps (1%)

[Yoste]

...

1. Op een i7 930 met HyperThreading, vul ik dan -smp 8 in of ondersteund het geen ht en vul ik -smp 4 in?

2. Waarvoor staat de -verbosity 9 flag?

...

1. Mét hyperthreading aan vul je het best -smp 8 in, zodat ie gebruik maakt van alle cores (4 fysieke en 4 virtuele).

2. Die 'verbosity' staat voor de mate waarin de log informatie weergeeft. Met de parameter -verbosity 9 zal de log veel info weergeven. Dit is voornamelijk handig indien je problemen hebt met de client of de wu, zo kan je mbv de log nagaan waar het probleem zit. Ik gebruik die parameter standaard in al mijn clients.

[Yoste]

ik vind het vreemd dat ik eergisteren geen vooruitgang zag toen ik 4 F@H's had draaien. start ik vandaag mn computer op en start de 4 F@H's, zie ik wel vooruitgang bij alle 4.

het werkt dus zoals het voor een groot deel beschreven staat: aparte mapjes maken voor elke folding@home en een andere workunit per programma invullen.

...

Mooi zo, maar weet wel dat deze methode eigenlijk gedateerd is. Indien je over zo een cpu beschikt, is de SMP-client 'the way to go'. Enkel indien je je pc echt niet veel laat folden is die oudere methode handig om toch de deadlines te halen.

...

Ik weet alleen nog niet hoe het werkt met het inleveren van een eiwit, dat hoe ik jullie nog tegoed.

Dit gebeurt automatisch, de client stuurt de afgewerkte wu naar de servers van Stanford en haalt er meteen een nieuwe op. Je moet er enkel voor zorgen dat je internetverbinding op dat moment werkt.

[Rexxar]

ik wist niet hoe het zat met inleveren, omdat ik er geen eiwit doordraai op 5 minuten, maar inmiddels heb ik al 5 eiwitten ingeleverd voor Team WSF (yeah ](*,) ) en velen zullen nog volgen

[Arjant2]

Heb je nu de SMP-versie draaien?

Die maakt automatisch gebruik van alle cores en levert meer punten op dan dat je meerdere versies van de normale client gebruikt.

Op de site met installatie instructies las ik dit:

I strongly suggest you enter the -smp -verbosity 9 flag here to make things easier to setup

Twee vraagjes:

1. Op een i7 930 met HyperThreading, vul ik dan -smp 8 in of ondersteund het geen ht en vul ik -smp 4 in?

2. Waarvoor staat de -verbosity 9 flag?

Ik heb net een nieuw pc'tje dus ik ga vanavond die smp-client eens proberen.

Alvast bedankt!

Als je met die I7 930 eens 24 uur volle bak draait dan moet je toch wel een leuke score halen (gok zo een 12.000?).