Nieuwe risicogroep SARS-CoV-2 ?

[Jan van de Velde]

(van preprint, nog niet peer-reviewed)

Het lijkt er sterk op dat mensen met twee kopieën van een Neanderthal-sequence van 6 genen op chromosoom 3 een veel hoger risico hebben op ernstige complicaties bij een besmetting met SARS-CoV-2.

Deze genen kennen ook een opvallend verspreidingspatroon: Zuid-Aziaten zijn voor ca 30% drager, met een concentratie in Bangladesh tot 63%. In Oost-Azië komt het maar voor 4% voor, in Europa onder 8% van de bevolking, in Afrika is het vrijwel afwezig.

lees meer:
The major genetic risk factor for severe COVID-19 is inherited from Neandertals
Hugo Zeberg Department of Neuroscience Karolinska Institutet, Svante Pääbo Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology
doi: https://doi.org/10.1101/2020.07.03.186296

https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... 1.full.pdf

[Wouter_Masselink]

Vaak zie je GWAS studies voorbij komen waar het effect in de manhattan plot maar heel minimaal is voor het desbetreffende locus. Dit is hier echter niet het geval. een p waarde van -log10(14) is zo duidelijk als het maar zijn kan.

[kwasie]

In Europa 8%. Maar we hebben hier geen homogene verdeling van genen. Is er een verdere verdeling van eigenschappen die samengaan met de kans om drager te zijn dan Europeaan/Aziaat?
Autochtoon/allochtoon, blondine/brunette, man/vrouw.
Ik kan me voorstellen dat onder de bevolking die 100 jaar geleden van Azië hier naar toe is gekomen, het aanzienlijk hoger is.

[Michel Uphoff]

Het valt op dat genoemde zuid-Aziatische risicolanden tot nu toe juist een relatief laag percentage Covod-19 doden kennen, terwijl de Amerika's waar deze mutatie kennelijk minder voorkomt juist zwaar aan de beurt zijn. Zou dat aan de lagere gemiddelde leeftijd in deze zuid-Aziatische landen kunnen liggen?

Hier de 50 landen met meer dan een miljoen inwoners die op dit moment het hardst getroffen zijn:

Bron: https://www.worldometers.info/coronavirus/#countries

[kwasie]

Waarschijnlijk een combinatie van maatschappelijke factoren, waardoor die landen niet met West-Europa te vergelijken zijn. Die landen zijn aanzienlijk armer, er is daardoor veel minder verplaatsing van personen. Er wonen daar veel meer mensen die hun leven lang hun dorp niet verlaten. Ja zag ook bij Australië dat het opnieuw binnenkwam via vlieg- of bootverkeer. Maar naast minder bejaarden, ook meer buiten zijn, ander klimaat, minder individualistische maatschappij etc.

[Xilvo]

Hier de 50 landen met meer dan een miljoen inwoners die op dit moment het hardst getroffen zijn:

En Bangladesh staat veel lager met ca 36 doden per miljoen inwoners.

[Lebber]

Je moet hierbij breder kijken, denk aan: levensomstandigheden, kwaliteit zorg, aantal ziekenhuisbedden per 100.000 inwoners, inkomensniveau zegt ook veel.
En dan nog: Peru 1042 doden per 1.000.000 is 0,1 procent. Dat zijn in verhouding weinig doden. Ik neem aan dat dit gaat over het totaal aantal overledenen?

[Lebber]

https://www.indexmundi.com/map/?v=2227&l=nl

Niet alle cijfers even up to date, maar hier kun je een wereldkaart zien met aantal bedden per 1.000 inwoners per land zien.

[Xilvo]

En dan nog: Peru 1042 doden per 1.000.000 is 0,1 procent. Dat zijn in verhouding weinig doden. Ik neem aan dat dit gaat over het totaal aantal overledenen?

Die tabel is ondertussen 8 maanden oud. In de tabel waar Michel Uphoff naar linkt staat nu voor Peru een aantal van 5828 doden per miljoen inwoners.

In verhouding tot wat zijn dat weinig doden?

[HansH]

Hier de 50 landen met meer dan een miljoen inwoners die op dit moment het hardst getroffen zijn:

En Bangladesh staat veel lager met ca 36 doden per miljoen inwoners.

als het gaat om risico op complicaties dan moet je denk ik niet kijken naar besmettingen per miljoen inwoners maar naar percentage van besmette mensen die overlijden of op de IC komen.

[Josker]

https://www.sciencedaily.com/releases/2 ... 144328.htm
16 februari 2021, dezelfde onderzoekers rapporteren een risico VERLAGEND verband met Neandertal genen.

Half of all people outside Africa carry a Neandertal gene variant that reduces the risk of needing intensive care for COVID-19 by 20 percent.

Ik vond geen kwantificering van het verhogend risico vorig jaar, dus onbekend netto effect van dat Neandertal genenstuk.

Wat me opviel:
Het artikel gepost op 3 juli 2020:
https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... 96v1#ref-2

Here, we show that the risk is conferred by a genomic segment of ~50 kb that is inherited from Neandertals and occurs at a frequency of ~30% in south Asia and ~8% in Europe.

Een artikel gepost op 26 oktober 2020:
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2818-3

Here we show that the risk is conferred by a genomic segment of around 50 kilobases in size that is inherited from Neanderthals and is carried by around 50% of people in south Asia and around 16% of people in Europe.

Beide percentages zijn in het Nature artikel beduidend groter gemeld.

Dat lijkt me vreemd - demografische gegevens - over hele populaties, gaan toch niet zoveel wijzigen in zo korte tijd? Een gekke verklaring zou een grote volksverhuizing op korte tijd zijn. Maar zoiets maakt het locatie kenmerk eerder gewoon van weinig betekenis en dus geen referentie.