[Folding] Het nieuwe-vouwers-topic

[Jan van de Velde]

hee jij, niet onder mijn duiven schieten

[Arie Bombarie]

Ik heb nu inderdaad verbinding met mijn laptop gekregen.

Het eiwit waar ik mee bezig ben is "p891_p53wtpeptide_tip3p" en deze is volgens het programma 500 frames, op http://fah-web.stanford.edu/psummary.html staat echter dat deze 100 frames is, krijg ik dan ook 5 x het aantal credits van wat er staat?

[Ruben01]

Het eiwit waar ik mee bezig ben is "p891_p53wtpeptide_tip3p" en deze is volgens het programma 500 frames, op http://fah-web.stanford.edu/psummary.html staat echter dat deze 100 frames is, krijg ik dan ook 5 x het aantal credits van wat er staat?

Ik denk niet dat je 5 keer zoveel credits zal krijgen hoor .

Zo gul zijn ze niet .

[Jan van de Velde]

deze is volgens het programma 500 frames, op http://fah-web.stanford.edu/psummary.html staat echter dat deze 100 frames is, krijg ik dan ook 5 x het aantal credits van wat er staat?

nee, die kolom met frames in de projectlijst heeft nooit geklopt met wat wij denken dat het moet betekenen. Als je af en toe eens bladert in de logboeken die FAH bijhoudt op je computer zul je zien dat die altijd noteert zodra weer 1% van je WU af is. Bij WU's van 1500 frames is dat dus na elke 15 frames. De grootte van een frame is ook per project verschillend. Soms vind je in een 500-framer WU noteringen in je logboek in de trant van

"completed 5000 of 500 000 steps"

Ik denk dat er ooit WU's geweest zijn die ze niet zo in procenten indeelden, en dat dat later achterhaald is, maar in die overzichtspagina's nooit eens is opgepoetst.

[Arie Bombarie]

Ok duidelijk .

Ik heb F@H op een externe harde schijf geinstalleerd, deze heb ik nu in een andere pc zitten en F@H opgestard. Echter het scherm van F@H wat ik te zien krijg is:

http://i98.photobucket.com/albums/l272/Pinokkio89/FH.jpg

Iemand enig idee, hoe ik wel normaal beeld kan krijgen?

F@H is wel druk bezig namelijk...

[Jan van de Velde]

Geen idee. Als ik FAH laat draaien vanaf mijn USB-stick (in wezen niet anders dan vanaf een externe harde schijf) heb ik, ongeacht de computer, nooit wat bijzonders in dit opzicht gehad.

[Arie Bombarie]

Aha ok, is er dan misschien wel een manier om te berekenen hoe lang die over 1 frame doet, dmv het FAHLog ofzo?

[Mendelevium]

Ok duidelijk .

Ik heb F@H op een externe harde schijf geinstalleerd, deze heb ik nu in een andere pc zitten en F@H opgestard. Echter het scherm van F@H wat ik te zien krijg is:

http://i98.photobucket.com/albums/l272/Pinokkio89/FH.jpg

Iemand enig idee, hoe ik wel normaal beeld kan krijgen?

F@H is wel druk bezig namelijk...

Ik had precies hetzelfde scherm, terwijl hij wel volop bezig was.

Ik ben dan maar gestopt, omdat het zo geen werken is natuurlijk en overgestapt naar BOINC.

[Jan van de Velde]

Aha ok, is er dan misschien wel een manier om te berekenen hoe lang die over 1 frame doet, dmv het FAHLog ofzo?

IN je logs vind je steeds het tijdstip dat hij 1% heeft afgewerkt. Heb je dan een wu van 1500 frames, dan komt de tijd tussen twee van dei meldingen overeen met de tijd voor 15 (1% van 1500) frames.

Ik ben dan maar gestopt, omdat het zo geen werken is natuurlijk

och, voor een goed doel kun je af en toe toch wel eens met een onschuldig software-onvolkomenheidje leven? Da's de jus van het leven zeggen we dan hier.

[Mendelevium]

och, voor een goed doel kun je af en toe toch wel eens met een onschuldig software-onvolkomenheidje leven? Da's de jus van het leven zeggen we dan hier.

Ik ben wel niet gestopt voor het goede doel, gewoon overgestapt naar een ander. Ik probeer zelfs een beetje gelijk lopende projecten te doen (eiwitten vouwen tegen ziektes (zoals aids, kanker)) + nog een paar die net iets te interessant zijn om links te laten liggen (quantummechanica en buitenaards leven)

[Jan van de Velde]

Oh, maar ik bedoelde dat niet als een verwijt hoor, sorry als je dat zo opvatte.....

ander onderwerp:

Nummer 186 is binnen

Donator Arie_Bombarie

Score 343

Date of first work unit 2008-01-11 19:03:43

[Arie Bombarie]

Ik ben nu alvast even aan het experimenteren met 2 cores.

De ene gaat prima, maar de andere doet volgens mij niet veel (alhoewel deze ook 50% CPU gebruikt).

Hier een deel van het logje:

[14:49:48] Trying to unzip core FahCore_81.exe

[14:49:48] Decompressed FahCore_81.exe (2396160 bytes) successfully

[14:49:48] + Core successfully engaged

[14:49:53]

[14:49:53] + Processing work unit

[14:49:53] Core required: FahCore_81.exe

[14:49:53] Core found.

[14:49:53] Working on Unit 06 [January 13 14:49:53]

[14:49:53] + Working ...

[14:49:53]

[14:49:53] *------------------------------*

[14:49:53] Folding@Home Gromacs Simulated Tempering Core

[14:49:53] Version 1.10 (Oct 4, 2007)

[14:49:53]

[14:49:53] Preparing to commence simulation

[14:49:53] - Looking at optimizations...

[14:49:53] - Created dyn

[14:49:53] - Files status OK

[14:49:54] - Expanded 364657 -> 1799236 (decompressed 493.4 percent)

[14:49:54] - Starting from initial work packet

[14:49:54]

[14:49:54] Project: 3643 (Run 1, Clone 12, Gen 5)

[14:49:54]

[14:49:54] Assembly optimizations on if available.

[14:49:54] Entering M.D.

[14:50:00] Protein: p3643_Seq15_Amber03_Native

[14:50:00]

[14:50:00] Writing local files

[14:50:46] Extra SSE boost OK.

[14:50:47] Writing local files

[14:50:47] Completed 0 out of 1500000 steps (0)

[15:28:19] Writing local files

[15:28:19] Completed 15000 out of 1500000 steps (1)

Deze schrijft dus niks weg heb ik het idee...

Hier een deel van het logje van de andere core:

[15:41:28] Completed 250000 out of 5000000 steps (5)

[15:41:28] Writing checkpoint files

[15:44:27] Writing checkpoint files

[15:47:27] Writing checkpoint files

[15:50:27] Writing checkpoint files

[15:53:08] Writing local files

[15:53:08] Completed 300000 out of 5000000 steps (6)

[15:53:08] Writing checkpoint files

[15:56:08] Writing checkpoint files

[15:59:09] Writing checkpoint files

[16:02:10] Writing checkpoint files

[Jan van de Velde]

Ik ben nu alvast even aan het experimenteren met 2 cores.

De ene gaat prima, maar de andere doet volgens mij niet veel (alhoewel deze ook 50% CPU gebruikt).

[14:49:54] Assembly optimizations on if available.

[14:49:54] Entering M.D.

[14:50:00] Protein: p3643_Seq15_Amber03_Native

[14:50:00]

[14:50:00] Writing local files

[14:50:46] Extra SSE boost OK.

[14:50:47] Writing local files

[14:50:47] Completed 0 out of 1500000 steps (0)

[15:28:19] Writing local files

[15:28:19] Completed 15000 out of 1500000 steps (1)

Deze schrijft dus niks weg heb ik het idee...

Jawel hoor, 1% afgewerkt in ca 38 minuten. (even rekenen, die 3643 levert 343 punten op, 1% = 3,43 punten in 38 minuten, dat is ongeveer 660 seconden per punt). Dat is 2 x zo snel als het gemiddelde van mijn hele PC.

Hier een deel van het logje van de andere core:

[15:41:28] Completed 250000 out of 5000000 steps (5)

[15:41:28] Writing checkpoint files

[15:44:27] Writing checkpoint files

[15:47:27] Writing checkpoint files

[15:50:27] Writing checkpoint files

[15:53:08] Writing local files

[15:53:08] Completed 300000 out of 5000000 steps (6)

[15:53:08] Writing checkpoint files

[15:56:08] Writing checkpoint files

[15:59:09] Writing checkpoint files

[16:02:10] Writing checkpoint files

Die "writing checkpoint files" zijn me nog nooit opgevallen, maar dat hoort misschien bij een type WU dat ik nog nooit bewust onderhanden heb gehad. In elk geval is er van deze WU nu 6% klaar. 1% in twaalf minuten, dat lijkt een kleintje.

[Arie Bombarie]

Bedankt voor de reactie, ze werken toch wel allebei ja .

De een staat nu op 12% en de ander op 3%, die van mijn laptop is bijna klaar maar spaar ik voor de Foldathon maar even voor morgen .

[Ruben01]

De een staat nu op 12% en de ander op 3%, die van mijn laptop is bijna klaar maar spaar ik voor de Foldathon maar even voor morgen .

Dat is valsspelen .

Omdat het voor het goeie doel is zullen we het door de vingers zien .