[Folding] Doe Mee Met Het Team Van Folding@wetenschapsforum.nl

[Miels]

Zo, mijn eerste WU staat er ook bij.

Tijd voor een feestje trouwens: we zijn de 10.000e plek gepasseerd!

Als we in dit tempo doorgaan (van plek 42400 naar 9909 in 3 weken) staan we over 1 week op nummer 1.

[made in flanders]

Als je je pc normaal gebruikt heeft dit inderdaad niet veel vertragingen en zo, maar is er iemand die toevallig weet of het spelletjes vertraagd?Want het weekend is begonnen en dan speel ik vrij veel.

Ik wil het wel laten aanstaan, maar als een spel te traag loopt is het niet leuk meer.

(Ik zit intussen al aan 3000/20000 frames)

[Jan van de Velde]

Dan schakel je hem het weekend toch gewoon uit, of zet hem op een lager pitje? Tips genoeg hierboven.

[Cycloon]

Ik moet het programma uitschakelen als ik wil gamen, elke game minimaliseert zich vanzelf als het programma opstaat, heel raar

[Mar(c)]

Nog even samenvattend en wat meer bevindingen:

Cores

Er zijn verschillende cores; aan F@H aangepaste moleculaire dynamica simulatieprogramma's, oftewel de rekenkernen die binnen de F@H-'schil' (= o.a. uit de GUI en de netwerkcommunicatie) de berekeningen voor het vouwen van moleculen uitvoeren. Er zijn vier cores (of eigenlijk zes, incl. varianten): Tinker, Gromacs, Amber en QMD. Dit zijn aangepaste versies van de moleculaire dynamica simulatieprogramma's Tinker, Gromacs, Amber en CPMD.

Gromacs en Amber zijn beide gebaseerd op Tinker (FahCore_65). Gromacs (FahCore_78) is vooral voor snelheid geoptimaliseerd (10-20x, o.a. door optimaal gebruik te maken processor-specifieke instructies). Gromacs heeft ook de varianten DGromacs (FahCore_79) voor double precision berekeningen (maakt gebruik van SSE2 processor), en GBGromacs (FahCore_7A) die gebruik maakt van de experimentele 'Generalized Born' technologie. Amber (FahCore_82) is iets sneller dan Tinker (tot 5x), en heeft bovendien wat meer functionaliteit (polariseerbare krachtveld-berekeningen).

CPMD (QMD; FahCore_96) heeft een geheel andere benadering: via de kwantumchemie [wiki] (of door de Schrödingervergelijking [wiki] op te lossen), i.t.t. de "krachtveld-benadering"; het berekenen van de atoomcoördinaten aan de hand van de empirische potentiële energie [wiki] die de interacties tussen atomen beschrijft. De QMD-core wordt alleen gebruikt als "big WU" (checkbox "Allow ... greater than 5MB" op de Connections tab) en "advanced methods" aanstaat, het vereist veel geheugen en rekentijd, en is gecompileerd voor Intel SSE2 processoren (Intel Pentium 4 SSE2). AMD processoren ondersteunen SSE2 niet, wat betekent dat het niet rendabel is (voor het project noch voor je punten) om "advanced methods" aan te zetten. (Ik heb een "advanced method" checkbox eigenlijk ook nog niet gevonden, misschien omdat die voor AMD computers verborgen is.. [wortel] )

Maar goed, bottom-line is dat de cores sterker zijn in verschillende projecten, omdat de soorten berekeningen (andere modellen, rekening houdend met andere variabelen) die elke core kan uitvoeren verschillen. Onder "Working on:" op je F@H Display staat aan welk project je werkt en welke core de berekeningen uitvoert.

Work Units (WU)

Een work unit is de eenheid die je per keer afwerkt, voor je een nieuwe 'opdracht' krijgt. Er worden maar 'enkele' (als ik goed begrijp zo rond de 100 of 150) eiwitten door F@H bestudeerd, en elke WU geeft weer iets meer informatie over de dynamica van een enkel eiwit. Volgens mij valt de WU niet verder te definiëren; een homp vlees is beter naar binnen te werken als je 'm in hapklare stukjes snijdt, sommige stukken blijven aan de grote kant en daarom is er de "big WU" setting voor mensen met een wat grotere mond.

Frames

De definitie van een 'frame' verschilt per core. De WU's van de Tinker projecten zijn bijna allemaal 400 frames groot, maar Gromacs rekent in "steps". De F@H interface deelt dat het aantal steps door 1000 en noemt dat een frame. (De F@H Projects Summary geeft echter voor alle niet-Tinker projecten aan dat ze elk uit 100 frames bestaan, wat betekent dat een frame niet altijd uit eenzelfde aantal steps bestaat. Dit komt overigens wel overeen met de FAHlog.txt.)

Ook binnen een core zegt het aantal frames vrijwel niets over de snelheid waarmee de WU afgehandeld wordt. Tussen de verschillende projecten zitten grote verschillen; grotere moleculen kosten nu eenmaal meer tijd. Binnen een WU kan de tijd per frame ook heel erg verschillen. En natuurlijk hangt de snelheid ook af van je processor en geheugen (en de algehele samenstelling van je systeem). Ook zijn er significante verschillen tussen machines met dezelfde processor, omdat de architectuur van een processor over de jaren nog al eens verandert.

Punten

Het aantal punten dat je voor een WU krijgt staat vast per project (zie ook de Project Summary). Het puntensysteem is in april 2004 gewijzigd, vanwege de toevoeging van drie cores. De Tinker projecten leveren daardoor relatief wat meer punten op. Het aantal punten wordt per WU bepaald op een dedicated Linux-bak (2.8GHz Pentium 4, SSE2 disabled); aantal punten = 110 * aantal dagen dat deze benchmark computer.

Ter vergelijking mijn WU's (AMD Athlon 1800+):

1e: p1136 (Tinker, 400 frames); 9 tot 11 minuten per frame; 2 dagen en 17 uur; 241 punten (89 pt. per dag).

2e: p754 (Gromacs, 1000 frames); 1 tot 3 minuten per frame; 1 dag en 9½ uur; 51 punten (36½ pt. per dag).

3e: p763 (Gromacs, 500 frames); 2 tot 4 minuten per frame; 22¼ uur; 48 punten (52 pt. per dag).

4e: p753 (Gromacs, 1000 frames); 1 tot 1½ minuten per frame; 20¼ uur; 44 punten (52 pt. per dag).

5e: p768 (Gromacs, 250 frames); tot nu toe 13 tot 19 minuten per frame; 120 punten (zal uitkomen op zo'n 48½ pt. per dag).

Bronnen en andere links:

 • F@H Home

 • F@H FAQ

 • F@H Wiki

 • Folding-community.org Forum

 • Project Summary

 • Wetenschapsforum.nl statistieken

 • Wikipedia NL

 • Wikipedia EN

[dekale]

Ik ga hier maar eens gewoon aan deelnemen. Heb in het verleden iets soortgelijks gedaan met seti@home.

Echter dit lijkt mij belangrijker. Ongeacht de snelheid die mijn pc-tje heeft, alle beetjes helpen.

[StrangeQuark]

Ik heb een "advanced method" checkbox eigenlijk ook nog niet gevonden, misschien omdat die voor AMD computers verborgen is..

Dankjewel ik wist een gedeelte hiervan maar nog niet alles. En ik heb me ongans gezocht naar die box, maar goed dus dat die gediabled is, met mijn AMD processor (als dat zo is, mijn pc wijst iig hetzelfde uit: onvindbaar en AMD proc.)

[Jan van de Velde]

Mijn ouwe W98 potje staat nou al een week te koken op zijn eerste eiwitje, en heeft tot nu toe 117 van zijn 3750 frames gedraaid. Tegen de tijd dat dat eiwit gevouwen is zal de schimmel er wel op staan denk ik.

Mijn XP is al op driekwart van zijn derde eiwit.

[Ger]

Tegen de tijd dat dat eiwit gevouwen is zal de schimmel er wel op staan denk ik.  

Mijn machientje is nou al bijna een week aan het brouwen en nog niet eens halverwege zijn eerste WU. Maar ben al lang blij dat ik het herrie-probleem heb opgelost, nu kan ik m tenmisnte 's nachts aan laten staan.

[Napoleon Dynamite]

Tegen de tijd dat dat eiwit gevouwen is zal de schimmel er wel op staan denk ik.  

Mijn machientje is nou al bijna een week aan het brouwen en nog niet eens halverwege zijn eerste WU. Maar ben al lang blij dat ik het herrie-probleem heb opgelost, nu kan ik m tenmisnte 's nachts aan laten staan.

Hoe los je het herrie probleem op?

Ik heb daar namelijk ook veel last van.

[Ger]

Bij mij was het een kwestie van met de stofzuiger de CPU koeler afzuigen, en rest van de kast ook even globaal meenemen. Er zat heel veel stof in (hij had een paar weken in een stoffige omgeving gestaan). Ook de voeding heb ik vervangen, want die begon ook behoorlijk de brommen en afzuigen hielp niet. Mijn vader had nog een oude niet-gebruikte PC staan waar ik de voeding uit mocht halen.

Nu maakt ie weer zijn normale geluid van de luchtstroom, maar da's niet echt hard en daar heb ik geen last van. Het enorme gebrom wat ie maakt is wel irritant als je op een paar m afstand ervan probeert te slapen (studentenkamer).

Ik weet niet of je PC altijd al herrie maakt, ofdat het ergens door ontstaan is, maar 3 belangrijke oorzaken van herrie met tip:

1. Er zit iets los, dat ergens tegenaan trilt --> alles schroeven goed aandraaien, desnoods iets zachts (viltje) er tussen doen.

2. Er zit vuil/stof tussen bewegende onderdelen --> schoonmaken.

3. De luchtstroom blaast tegen kabels aan --> kabels buiten de luchtstroom om leiden.

Succes!

[Revelation]

Er zijn verschillende @Home projecten. Ik heb in het verleden meegedaan aan folding@home, seti@home (the search for extraterrestial life (buitenaards leven)) en een @home die kankercellen onderzoekt. Ook is er nog genome@home en waarschijnlijk nog veel meer. Ik zou zeggen, kies er één uit die je het meest aanspreekt.

[Ger]

Jippie! Ik sta er ook bij! Helaas is mijn volgende WU pas 20 april klaar zegt ie.

Ik moet maar liefst 3750 frames en het frame waar ie nu mee bezig is duurt nog drie kwartier.

[Mar(c)]

Er zijn verschillende @Home projecten.

Ik zat nog te denken aan GIMPS (Great Internet Mersenne Prime Search), maar d'r blijken er nog veel meer te zijn – zie Distributed Computing!

[Jan van de Velde]

Ger schrijft:

Helaas is mijn volgende WU pas 20 april klaar zegt ie.

Ik begrijp dat soort opmerkingen van dat programma eerder als de uiterste inleverdatum, en daarbij stel ik me zo voor dat het stukje info, als het dan nog niet binnen is, even op een supersnelle gedraaid wordt om de rest van het vouwproces niet in de war te brengen. Ik kan het totaal fout hebben, maar omdat dat programma niet weet hoeveel uur jij je computer laat draaien per week, kan het moeilijk weten wanneer het klaar zal zijn.