[microcursus] wat is dna? (basis)

[Klintersaas]

Een aantal plaatjes hebben wij ook weer elders gehaald, maar een groot deel is door ons gefabriceerd. Ik heb er in ieder geval niets op tegen mocht je plaatjes willen kopiëren, mits een duidelijke bronvermelding (integendeel zelfs). Het gros van de plaatjes werd echter door Jan van de Velde gemaakt. Als je wilt kan je hem een PB sturen.

[Jan van de Velde]

ik wilde vragen of ik plaatjes mag kopieren voor mijn werkstuk. Natuurlijk komt dan in ieder geval uw artikel in de bronnenlijst te staan.

Onder die voorwaarde is het meeste educatieve materiaal op internet beschikbaar, en dat van ons ook.

Pas op voor één ding: de cursus is een introductie, geenszins een volledig verhaal. Ook de plaatjes zijn daarop aangepast. Die zijn eerder bedoeld om een duidelijk beeld te scheppen zonder de waarheid al te zeer geweld aan te doen, dan met de bedoeling de waarheid, de gehele waarheid en niets dan de waarheid te vertellen.

Maar als jij die cursus gebruikte om een en ander op een rijtje te krijgen, zal je eigen werkstuk ook wel niet zo veel dieper gaan dat de aangebrachte versimpelingen problemen zouden moeten opleveren.

[Claudia]

Maar als jij die cursus gebruikte om een en ander op een rijtje te krijgen, zal je eigen werkstuk ook wel niet zo veel dieper gaan dat de aangebrachte versimpelingen problemen zouden moeten opleveren.

het is de bedoeling dat ik uiteindelijk wel dieper op het onderwerp inga, maar omdat ik ook een logische opbouw in mijn werkstuk wil hebben houd ik het eerst nog erg simpel.

het onderwerp van mijn hele werkstuk is namelijk hoe en waarvoor DNA tegenwoordig gebruikt word. Dan is het altijd handig als de lezer om te beginnen weet wat DNA is en hoe het in elkaar zit. Bij het maken van mijn onderwerp ga ik er persoonlijk van uit dat het nog door iemand begrepen moet kunnen worden die nooit één les biologie heeft gehad.

Daarnaast gebruik ik ook, mede voor de geloofwaardigheid van de informatie, meerdere sites.

[Wouter_Masselink]

Hint, gebruik voor de geloofwaardigheid niet zozeer meerdere sites. Hoewel er ontzettend veel sites zijn waar ook hele goede en correcte informatie wordt aangeboden, is dit toch vaak (in de ogen van docenten) minder betrouwbaar dan boeken. Zelf ben ik ook een groot voorstander van boeken, hierin staat (in verhouding tot het internet) veel minder onzin vermeld.

[HenkL]

Ik heb met veel plezier deze cursus doorgenomen en vond het zeer verhelderend. Er zijn natuurlijk altijd vragen en wat mij niet duidelijk is, is hoe de natuur zo effficient geschikte eiwitten kon ontwikkelen. Stel een eiwit bestaande uit ca. 300 aminozuren waarin dus 20 verschillende az kunnen voorkomen. Dan is het aantal mogelijken configuraties zeker groter dan 2*10^100. Vele miljarden jaren zouden niet voldoende zijn om al deze eiwitten uit te proberen. Mijn vraag is dus of men enig idee heeft hoe de natuur dit heeft klaargespeeld in een betrekkelijke korte tijd.

[Jenswigger]

Ik heb dit allemaal in 4VWO geleerd met biologie, maar het probleem is bij mij dat het meestal nogal snel wegzakt.

Bij Biologie [mijn lievelingsvak] is dit meestal niet het geval, maar toch dacht ik; Laat ik het nog eens allemaal doornemen. Ik vond de minicursus echt goed. Ik had destijds beter van deze cursus dan van het boek kunnen leren, het staat hier heel helder en kort maar krachtig in.

Alleen lijkt het me misschien een idee om de cursus een beetje uit te bouwen?

- De ribosomen die export eiwitten maken zitten aan het ER en het golgi-systeem en deze veranderen het eiwit nog weer, hoe gaat dat precies?

- Deze worden dan ook verpakt in speciale blaasjes?

- Hoe werkt het precies met mutaties in de genen? Genmutatie/chromosoommutaties > Tumor

- Virussen die de gastheercel overnemen en nieuw DNA maken?

- Gentherapie

Dit staat allemaal heel kort in mijn boek genoemd zonder verdere uitleg. Hier ben ik wel erg nieuwsgierig naar.

Ik wil hier ook wel aan meewerken, maar ik ben een 5VWO scholier met weliswaar een 8,4 voor biologie maar ik weet niet of mijn uitleg (als ik er wat over kan vinden) wel goed genoeg is voor dit forum..

[Jan van de Velde]

Alleen lijkt het me misschien een idee om de cursus een beetje uit te bouwen?

Dat is ook wel degelijk de bedoeling. Punt is dat het voor de mensen die dat zouden kunnen niet meevalt om er voldoende tijd voor te vinden. :eusa_whistle: We weten intussen uit ervaring dat zo'n cursusje niet op een regenachtige zondagnamiddag in elkaar zit én wat waard is.

Zou je een poging willen wagen, al is het maar paragraaf voor paragraaf, dan gaan we zeker op dat aanbod in. Meelezers en commentaar-leveraars zijn wel beschikbaar. Maar publiceren doen we pas als we menen dat het inderdaad wat toevoegt aan wat links en rechts op internet te vinden is.

We kunnen deze discussie eventueel per PB afmaken?

Groet, Jan van de Velde

Minicursuscoördinator.

[JelmerMVL]

Volgens mij heb ik het niet in de minicursus kunnen vinden, dus vandaar dat ik mijn vraag even hier stel.

Er wordt ook weleens onderscheid gemaakt tussen de leading en de lagging strand. Kan ik zeggen dat de leading strand ook wel de templatestreng is (van 5' naar 3') en de lagging strand ook wel de coderende streng (van 3' naar 5')?

[Jaffaa]

Volgens mij heb ik het niet in de minicursus kunnen vinden, dus vandaar dat ik mijn vraag even hier stel.

Er wordt ook weleens onderscheid gemaakt tussen de leading en de lagging strand. Kan ik zeggen dat de leading strand ook wel de templatestreng is (van 5' naar 3') en de lagging strand ook wel de coderende streng (van 3' naar 5')?

Leading en Lagging strand heeft te maken met het feit dat bij de lagging strand steeds kleine stukjes DNA gesynthetiseerd (okazaki fragmenten) worden en de leading strand in principe in 1 keer gesynthetiseerd kan worden door DNA polymerase. Dit vanwege het feit DNA polymerase DNA alleen kan aflezen van 3' > 5' waardoor een 5' > 3' nieuwe strand onstaat.

[JelmerMVL]

Dus als ik het goed begrijp spreek je over de coderende streng en templatestreng als je het hebt over translatie en over de leading en lagging strand wanneer het gaat over DNA-replicatie?

[JelmerMVL]

Toch nog even een aanvulling op mijn vorige post van alweer een tijdje geleden.
 
Er heerst nog steeds verwarring bij mij. Bij de DNA-replicatie op de 'leading strand' ontstaan er geen Okazaki-fragmenten, omdat DNA-polymerase in één keer door kan en daarmee de vrije nucleotiden in het kernplasma aan de vrijgekomen nucleotiden kan binden.
Bij de 'lagging strand' ontstaat er echter een 'probleem', waardoor Okazaki-fragementen ontstaan. Waarom is mij niet duidelijk. Moet de DNA-polymerase als het ware wachten op het enzym dat de waterstofbruggen verbreekt en er niet, net zoals bij de 'leading strand' achteraan kan wandelen?
 
Jaffaa, u zegt dat DNA-polymerase het DNA alleen kan aflezen van 3' naar 5', maar ik heb altijd geleerd dat DNA en mRNA van 5' naar 3' wordt gemaakt. Hoe zit dat precies?

[Kravitz]

Jaffaa, u zegt dat DNA-polymerase het DNA alleen kan aflezen van 3' naar 5', maar ik heb altijd geleerd dat DNA en mRNA van 5' naar 3' wordt gemaakt. Hoe zit dat precies?

Ik zal met deze vraag beginnen. Het DNA-polymerase leest de originele basen af van 3' naar 5', maar het synthetiseert de nieuwe streng complementair hieraan. Bijgevolg wordt de nieuwe streng altijd gevormd van 5' naar 3'.

 

dna-replication-3 809 keer bekeken

 
Bron: Biochemhelp.com

 

 

Er heerst nog steeds verwarring bij mij. Bij de DNA-replicatie op de 'leading strand' ontstaan er geen Okazaki-fragmenten, omdat DNA-polymerase in één keer door kan en daarmee de vrije nucleotiden in het kernplasma aan de vrijgekomen nucleotiden kan binden.

Bij de 'lagging strand' ontstaat er echter een 'probleem', waardoor Okazaki-fragementen ontstaan. Waarom is mij niet duidelijk. Moet de DNA-polymerase als het ware wachten op het enzym dat de waterstofbruggen verbreekt en er niet, net zoals bij de 'leading strand' achteraan kan wandelen?

Bekijk goed bovenstaande figuur. Bij de leading strand wordt één RNA primer gevormd en daarna kan het DNA-polymerase van start gaan. Het polymerase beweegt in de richting van het helicase (naar het 5' einde van de originele streng) en als gevolg hiervan kan het altijd blijven kopiëren en is er geen nood aan een extra primers. Het DNA wordt immers steeds vlak voor het polymerase uit elkaar getrokken door het helicase.

 

Bij de lagging strand gebeurt net het omgekeerde en beweegt het DNA-polymerase weg van het helicase. Het DNA-polymerase kan dus een stukje kopiëren, maar zodra het helicase opnieuw een stukje DNA gaat ontwinden moet het in feite opnieuw beginnen en daarvoor is een extra primer nodig.

 

Op YouTube vond ik ook nog dit filmpje. Het gaat vrij traag, maar het is wel duidelijk.

 



 

Als je vragen hebt laat je het maar weten!

[JelmerMVL]

Allereerst onwijs bedankt voor de duidelijke uitleg en de link naar het filmpje!
 
Ik heb nog wel een paar vragen.
 
In mijn biologieboek wordt het woord 'primer' niet gebruikt. Ik heb het even opgezocht en het is dus het stukje op het DNA dat als startpunt voor de DNA-polymerase wordt gebruikt (in het filmpje steeds groen weergeven). U hebt het echter over een RNA-primer, terwijl er toch helemaal geen RNA wordt gevormd tijdens de DNA-replicatie? Kunt u dat uitleggen?

[Kravitz]

Graag gedaan!
 
Wel, het punt is dat een DNA-polymerase niet zomaar kan starten. Een DNA-polymerase moet als he ware de voorgaande base kunnen "zien". Bij de start van de replicatie is dat dus niet mogelijk, want er is geen voorgaande base.
 
Dit probleem wordt handig opgelost door gebruikt te maken van het enzym Primase (een RNA-polymerase). Primase kan in tegenstelling tot DNA-polymerase gewoon de novo een klein stukje complementair RNA synthetiseren zonder dat het de voorafgaande base moet "zien". In praktijk is dat stukje RNA (ook wel de RNA-primer genoemd) maar een 10 tal nucleotiden lang.
 
Eenmaal dat stukje RNA er staat kan het DNA-polymerase van start gaan.
 
P.S.: ik vind het een beetje vreemd dat er niet over gesproken wordt, op die manier kan je veel van de realiteit weglaten...

[JelmerMVL]

Het wordt me steeds duidelijker.
 
Primase zorgt dus voor een primer, zodat DNA-polymerase weet waar hij moet beginnen met het repliceren van het DNA.
De primer kan dan tegenover het DNA een klein stukje RNA maken. Maar dan vind ik het nog steeds merkwaardig dat er RNA wordt aangemaakt. We zijn immers 'bezig' met het repliceren van DNA. Het is toch niet zo dat achter dat RNA (van de primer) DNA wordt gemaakt? Dan zou DNA en RNA achter elkaar in één keten terechtkomen. Dat zal niet gebeuren, denk ik?
 

 
P.S.: ik vind het een beetje vreemd dat er niet over gesproken wordt, op die manier kan je veel van de realiteit weglaten...

 
 
Ik heb even mijn biologieboek erbij gepakt om te controleren of er echt niets over de primer wordt uitgelegd (had gekund dat ik het me simpelweg niet meer kon herinneren). Onder het kopje 'DNA-replicatie' in het laatste boek van de bovenbouw (vwo), wordt met geen woord over de primer gesproken, laat staan dat er iets over wordt uitgelegd. De makers willen het kennelijk niet te ingewikkeld maken, maar door het achterhouden van dat soort informatie wordt het juist onduidelijker. Ach, gelukkig bestaat dit forum