Boincathon?

[DePurpereWolf]

Tja, dingen die leuk zijn leveren niet zoveel op.

Ik heb tenminste een vakrichting gekozen waarvan ik nog tot mijn 70ste elke dag mee gelukkig kan zijn, dat was voor mij belangrijker.

Wetenschappers zijn natuurlijk ook niet arm, in tegendeel, maar er mee rijk worden word steeds moeilijker.

[gmK]

Tja, dingen die leuk zijn leveren niet zoveel op.

Ik heb tenminste een vakrichting gekozen waarvan ik nog tot mijn 70ste elke dag mee gelukkig kan zijn, dat was voor mij belangrijker.

Wetenschappers zijn natuurlijk ook niet arm, in tegendeel, maar er mee rijk worden word steeds moeilijker.

Ik doe vooral mee aan folding omdat ik elke manier aangrijp om sommige ziektes de wereld uit te helpen. Dat telt voor mij zwaarder dan deeltjesaccelerators helpen ontwerpen of zoveelste priemgetallen of buitenaards leven ontdekken.

[Ruben01]

Ik doe vooral mee aan folding omdat ik elke manier aangrijp om sommige ziektes de wereld uit te helpen. Dat telt voor mij zwaarder dan deeltjesaccelerators helpen ontwerpen of zoveelste priemgetallen of buitenaards leven ontdekken.

Iedereen kiest waar hij/zij aan mee wil werken ...

Daarom is het wel tof dat we op WSF beiden hebben en zo kunnen de mensen dus kiezen waar ze aan mee willen werken.

[DePurpereWolf]

Dat SETI@home word voor mij ook een beetje oud, we hebben daar al iets van 3.4 miljoen jaar van computer tijd op los gelaten. Ik denk gewoon niet meer dat we dat nog iets vinden.

Er zijn echter genoeg Boinc projecten die 'ziektes' onderzoeken.

Africa@home — solve African humanitarian and health problems.

Malaria Control — for stochastic modelling of the clinical epidemiology and natural history of Plasmodium falciparum malaria.

POEM@Home — models protein folding using Anfinsen's dogma.

Predictor@home — uses homology modeling to identify proteins of known structure with some level of sequence identity to the target protein and then constructs a prediction for that protein.

Proteins@home — deduces DNA sequence, given a protein.

Rosetta@home — tests the assembly of specific proteins, using appropriate fragments of better-known proteins.

SIMAP — a database of protein similarities using distributed computing to detect sequence similarities.

TANPAKU — to predict protein structures from amino acid sequence.

Docking@Home — models protein-ligand docking.[37] (Closed alpha)

Folding@home - simulates protein folding and misfolding using molecular dynamics.

PS3GRID — Full-atom molecular biology simulations, specially optimized for the Cell microprocessor in PlayStation 3.

Superlink@Technion — uses genetic linkage analysis to identify genes that are responsible for genetic disorders.

Bio4All ToolKits - genetic annotation tools for responsible research

Anyway, dit gehele gedoe van Folding@home / Boinc, zou natuurlijk over zijn als Folding gewoon op Boinc zou kunnen draaien. Ofwel, als ze dus 'ook' via BOINC werkeenheden zouden uitbrengen, dan kunnen mensen kiezen welke software ze gebruiken. Er was eens een Alpha van folding op Boinc, maar dat is niet doorgezet.

[Ruben01]

Anyway, dit gehele gedoe van Folding@home / Boinc, zou natuurlijk over zijn als Folding gewoon op Boinc zou kunnen draaien. Ofwel, als ze dus 'ook' via BOINC werkeenheden zouden uitbrengen, dan kunnen mensen kiezen welke software ze gebruiken. Er was eens een Alpha van folding op Boinc, maar dat is niet doorgezet.

Dat zou inderdaad wel een verbetering zijn, vooral op softwaregebied ...

[gmK]

Anyway, dit gehele gedoe van Folding@home / Boinc, zou natuurlijk over zijn als Folding gewoon op Boinc zou kunnen draaien. Ofwel, als ze dus 'ook' via BOINC werkeenheden zouden uitbrengen, dan kunnen mensen kiezen welke software ze gebruiken. Er was eens een Alpha van folding op Boinc, maar dat is niet doorgezet.

Dat is eigenlijk ook waar ik met mijn 'betoog' naar toe wilde. Alle Distributed computer projecten in 1 stuk software.

Zo wordt ook voorkomen dat dingen langs elkaar heen gaan.

Zo kan iedereen gezamelijk aan de software werken ipv het wiel continu opnieuw uit te vinden (even kort door de bocht).

Alle DC projecten op één plek betekent ook dat ze allemaal automatisch bekend zijn bij het publiek dat aan DC wilt doen.

Ik denk dat er nog wel meer voordelen zullen zijn.

[DePurpereWolf]

Er zijn ook echter wat nadelen, vooral voor Folding@home. Folding maakt gebruik van zijn eigen software, terwijl Boinc enkel C of C++ opdrachten kan uitvoeren. Folding kan dus meer uit je systeem halen, maar BOINC is stabiler en veiliger. Dan is er ook nog het probleem van de PS3, waar gaan die punten naartoe. Maar het grootste probleem zit hem in de concurrentie. De Folding@home-er zit nu aan Folding@home vast. Als het wat anders wil doen, dan raakt het alle punten kwijt. Echter bij Boinc kun je zonder problemen overstappen naar een ander project, of minderen. Iemand die Folding@home doet, kan alleen vouwen. Terwijl de gemiddelde boincer toch wel een project of 3 of 4 heeft.

Ik denk dat niet binnen 2 jaar, maar mischien tussen 5 en 10 jaar Mijnheer Vijay Pande genoeg krijgt van het vouwen, en de funding opraakt. Ik denk dat dan een algehelen punten overplaatsing plaats kan vinden naar bOINC, of een ander open-source grid-computing project. Ik denk namelijk dat er heel veel mensen teleurgesteld zullen zijn als Folding@home ineens zou ophouden.

[Miels]

Ik doe vooral mee aan folding omdat ik elke manier aangrijp om sommige ziektes de wereld uit te helpen. Dat telt voor mij zwaarder dan deeltjesaccelerators helpen ontwerpen of zoveelste priemgetallen of buitenaards leven ontdekken.

Zoals DPW al schreef zitten er ook bij Boinc tal van projecten die een bijdrage leveren aan de bestrijding van ziektes. Zelf doe ik (sinds kort) mee met Boinc, en precies om diezelfde reden heb ik niet gekozen voor wiskundige projecten of Seti, maar om medische projecten en iets ten behoeve van het doorrekenen van het klimaat (omdat ik denk dat beter inzicht in reacties van het klimaat op acties van de mens ook een grote toegevoegde waarde voor de toekomst kunnen hebben).

Overigens kan een wiskundige doorbraak uiteindelijk wellicht ook een bijdrage leveren aan dergelijke problemen, maar dat terzijde

[gmK]

De Folding@home-er zit nu aan Folding@home vast. Als het wat anders wil doen, dan raakt het alle punten kwijt.

Dat hoeft natuurlijk niet. Wanneer Folding@home aan het BOINC stramien zou worden toegevoegd zouden de punten gewoon naar BOINC standaarden kunnen worden geconverteerd, lijkt me nu niet het moeilijkste

Daarnaast kan je zodra het folding project is afgelopen idd gewoon verder met je punten.

Folding maakt gebruik van zijn eigen software, terwijl Boinc enkel C of C++ opdrachten kan uitvoeren. Folding kan dus meer uit je systeem halen, maar BOINC is stabiler en veiliger. Dan is er ook nog het probleem van de PS3, waar gaan die punten naartoe.

Misschien eens wat code naast elkaar leggen en van elkaar leren. Zo kan BOINC met wat aanpassing denk ik ook wel een PS3 versie maken. Als het allemaal voor het goede doel is kunnen ze ook algoritmes uitwisselen om te kijken wat het beste werkt.

[DePurpereWolf]

Code langs elkaar leggen?

Alhoewel het distributie programma 'boinc' open-bron is, zijn de taken dat totaal niet. Anders zou iedereen zomaar iemands harde werk kunnen stelen. (er zijn wel die open-source zijn, die van Leiden Classical geloof ik)

Er zal dus weinig langs elkaar worden gelegd denk ik.

[gmK]

Ik bedoel puur de code van de software.

[DePurpereWolf]

dat bedoel ik ook!

[gmK]

Haha, gaat lekker zo

Maar waarschijnlijk ligt deze vergissing aan het beeld dat ik van de software had.

Ik vermoed dat er een stuk algemene code is en per project een stuk specifieke code. Het is echter de vraag wat er exact in het stuk algemene code staat.

In ieder geval als ik zo iets zou maken dan zou het een framewerk worden waarin elk project enkel specifieke details hoeft in te vullen (soms wat uitgebreider dan andere keren) zoals waar de taken op te halen zijn, waar de resultaten af te leveren en welke berekeningen uitgevoerd moeten worden.

In mijn vorige post ging ik er vanuit dat het rekenwerk en dus de algoritmes tot het algemene stuk software behoren, maar na wat nadenkwerk besloot ik dat het toch niet handig was... haha.