Hieronder staat het genotype van de E.coli K12 stam JM101.
JM101: F´[traD36, proA+B+ ,lacIq ,Δ(lacZ)M15],Δ(lac-proAB), glnV, thi.
Zou iemand mij kunnen vertellen wat deze genetische markers betekenen?
En hoe kan je zien of deze aan- of afwezig zijn in deze E.coli stam??
Genotype E. coli K12 stam JM101
Moderator: ArcherBarry
-
iheartit__
- Artikelen: 0
-
Jaffaa
- Artikelen: 0
- Berichten: 83
- Lid geworden op: di 31 aug 2010, 10:18
Re: Genotype E. coli K12 stam JM101
yo,
kijk hier ff naar http://openwetware.o...genotypes#JM101
het vooral te maken met het feit waar je eventuele transformanten op wil screenen.
In het geval van deze stam in blauw/wit screening mogelijk (lac genen).
thi geeft aan dat deze stam thiamine nodig heeft om te groeien, laat je supplement UIT je medium zal de stam niet groeien (lees Auxotroof selectie ).
kijk hier ff naar http://openwetware.o...genotypes#JM101
het vooral te maken met het feit waar je eventuele transformanten op wil screenen.
In het geval van deze stam in blauw/wit screening mogelijk (lac genen).
thi geeft aan dat deze stam thiamine nodig heeft om te groeien, laat je supplement UIT je medium zal de stam niet groeien (lees Auxotroof selectie ).
-
iheartit__
- Artikelen: 0
Re: Genotype E. coli K12 stam JM101
[traD36, proA+B+ ,lacIq ,Δ(lacZ)M15] Dit zijn dus allemaal gemuteerde genen als ik het goed begrijp.
Wat is er met deze genen: Δ(lac-proAB), glnV, thi?
De opdracht is om een werkvoorschrift te maken voor een kweekmethode waarmee iemand de aanwezigheid van de genetische marker F´[traD36, proA+B+ ,lacIq ,Δ(lacZ)M15],kan controleren.
Kan iemand mij een klein beetje opweg helpen? Een voorbeeld geven misschien?
Wat is er met deze genen: Δ(lac-proAB), glnV, thi?
De opdracht is om een werkvoorschrift te maken voor een kweekmethode waarmee iemand de aanwezigheid van de genetische marker F´[traD36, proA+B+ ,lacIq ,Δ(lacZ)M15],kan controleren.
• Leg uit wat het principe van de methode is. Wat is essentieel aan de opzet om deze eigenschap aan te kunnen tonen? Welke componenten moeten bijvoorbeeld absoluut afwezig zijn in het medium?
• Geef van alle te gebruiken media en andere oplossingen aan wat de samenstelling moet zijn in termen van concentraties.
• Geef aan hoe je deze media en oplossingen moet maken, dus hoeveel je moet afwegen, waarmee je het moet afwegen, in hoeveel volume het moet worden opgelost (en waarin het moet worden opgelost) en hoe het eventueel moet worden gesteriliseerd.
Kan iemand mij een klein beetje opweg helpen? Een voorbeeld geven misschien?
-
Jaffaa
- Artikelen: 0
- Berichten: 83
- Lid geworden op: di 31 aug 2010, 10:18
Re: Genotype E. coli K12 stam JM101
Yo,,
allereerst moet je begrijpen wat de mutaties van de desbetreffende genen inhoudt.. wat kan het organisme wel/niet na de mutatie.
een 'ongemuteerde' E.coli stam (Wild-Type), beschikt dus over alle functionele genen die je aangeeft en zou wanneer deze gegroeid wordt op Minimal Medium zelf alle primaire metabolieten kunnen maken om in leven te blijven en zichzelf te delen.
Wat is er met deze genen: Δ(lac-proAB), glnV, thi
In de link die ik eerder stuurde staat een overzicht van genen die uitgeschakeld zijn in bepaalde e.coli stammen wat het mogelijk maakt om bepaalde selecties te doen na transformeren van de desbetreffende stam. Ik zal dit verder proberen uit te leggen aan de hand van de thimutatie. Deze mutatie houd in dat de stam thiamine niet zelf kan maken (een van de enzymen is uitgeschakeld in dit pathway) dus moet je in je medium thiamine moet toevoegen om deze stam te laten groeien. een experiment om te laten zien of een stam deze mutatie heeft is om de stam te laten groeien in minimaal medium met en zonder thiamine. de stam zal alleen groeien in het medium waar thiamine is toegevoegd. verder zou je als je weet welk gen in het pathway is uitgeschakeld, de stam kunnen transformeren met een plasmide die een functioneel gen heeft. Na een succesvolle transformatie zou je deze getransformeerde cellen kunnen laten groeien in het medium zonder thiamine.
het is een moeilijk verhaal vind ik om uit te leggen via een bericht.. kijk er naar en stel eventueel verdere vragen.
Ik vind de vragen die je moet behandelen (betreft hoe je het medium maakt etc) in je opdracht over het algemeen best vaag, er zijn zat websites waar recepten staan van media die gebruikt worden (zoek LB medium).
greets
allereerst moet je begrijpen wat de mutaties van de desbetreffende genen inhoudt.. wat kan het organisme wel/niet na de mutatie.
een 'ongemuteerde' E.coli stam (Wild-Type), beschikt dus over alle functionele genen die je aangeeft en zou wanneer deze gegroeid wordt op Minimal Medium zelf alle primaire metabolieten kunnen maken om in leven te blijven en zichzelf te delen.
Wat is er met deze genen: Δ(lac-proAB), glnV, thi
In de link die ik eerder stuurde staat een overzicht van genen die uitgeschakeld zijn in bepaalde e.coli stammen wat het mogelijk maakt om bepaalde selecties te doen na transformeren van de desbetreffende stam. Ik zal dit verder proberen uit te leggen aan de hand van de thimutatie. Deze mutatie houd in dat de stam thiamine niet zelf kan maken (een van de enzymen is uitgeschakeld in dit pathway) dus moet je in je medium thiamine moet toevoegen om deze stam te laten groeien. een experiment om te laten zien of een stam deze mutatie heeft is om de stam te laten groeien in minimaal medium met en zonder thiamine. de stam zal alleen groeien in het medium waar thiamine is toegevoegd. verder zou je als je weet welk gen in het pathway is uitgeschakeld, de stam kunnen transformeren met een plasmide die een functioneel gen heeft. Na een succesvolle transformatie zou je deze getransformeerde cellen kunnen laten groeien in het medium zonder thiamine.
het is een moeilijk verhaal vind ik om uit te leggen via een bericht.. kijk er naar en stel eventueel verdere vragen.
Ik vind de vragen die je moet behandelen (betreft hoe je het medium maakt etc) in je opdracht over het algemeen best vaag, er zijn zat websites waar recepten staan van media die gebruikt worden (zoek LB medium).
greets
