Timmoty
Artikelen: 0
Berichten: 247
Lid geworden op: di 04 mar 2008, 18:56

polarisatie van carbonylgroep amide door zinkion

Ik probeer te achterhalen hoe een Zn2+bijdraagt aan de afbraak van een peptide door een carboxypeptidase. Tot zover ik het kan volgen zijn amides relatief stabiele verbindingen. Hiervoor is resonantie verantwoordelijk. Electronen paar kan zich over de ring verdelen waarbij er een positieve lading ontstaat op het N atoom en negatieve lading op het O atoom. Ik ben me er van bewust dat dit geen invloed heeft op dipole-dipole interacties. De negatieve en positieve ladingen zijn niet aanwezig als ¨individuele componenten¨ en de lading van het molecuul als zijn geheel is neutraal.

Het zinkion maakt het mogelijk dat de amideverbinding toch afgebroken kan worden. Het ion is dus in staat om de structuur te destabiliseren. In mijn boek wordt over het volgende gezegd:
 
Hydrolisis of the terminal peptide bond then takes place aided by the zinc ion, which plays a crucial role in the mechanism by polarizing the carbonyl group and making the amide group more suceptible to hydrolysis. (An introduction to Medicinal Chemicstry by Graham L. Patrick 5th edition).
 
Ik moet eerlijk zeggen dat ik niet heel erg goed bekend ben met het begrip polarisatie, vooral in deze context. Ik begrijp dat het O-atoom van de carbonylgroep twee vrije electronen paren bezit. Hierdoor bezit het koolstofatoom een partiële positieve lading (delta +) en zuurstof een partiële negatieve lading (delta -).

Wat er plaatsvindt bij de hydrolise van de verbinding, is dat het vrije elektronen paar van N in de binding met C gaat zitten (hierdoor ontstaat er een dubbele binding), raakt N positief geladen. Eén elektronenpaar uit de C=O verbinding zal naar de O gaan. Hierdoor zal O een negatieve lading krijgen.

 
Ik vraag me nu af hoe ik het werk van het zinkion juist kan beschrijven. Wat doet zink wat deze reactie vergemakkelijkt? Zink polariseert het O-atoom, betekent dit dat het meeweerkt om het O-atoom negatief te krijgen. Dus helpt bij de verplaatsing van het elektronenpaar uit de dubbele binding naar O? Is het zo dat de positieve lading van het zinkion electronen naar O krijgt en het negatiever krijgt, of heb ik het dan totaal bij het verkeerde eind.

Alvast bedankt voor de hulp!
Gebruikersavatar
ArcherBarry
Moderator
Artikelen: 0
Berichten: 5.251
Lid geworden op: di 27 nov 2007, 21:18

Re: polarisatie van carbonylgroep amide door zinkion

Misschien is het antwoord simpeler dan jij denkt.
 
Carboxypeptidase is een enzym waar in het eiwitstructuur een zink ion moet zitten wil het de juiste structuur hebben om pectolitische werking te hebben. Zonder zink klopt de structuur niet en is het enzym niet actief.
Niet geschoten is altijd mis, en te snel schieten vaak ook.
 
Ik ben intelligent want ik weet dat ik niks weet. Socrates
Gebruikersavatar
Marko
Artikelen: 0
Berichten: 10.605
Lid geworden op: vr 03 nov 2006, 23:08

Re: polarisatie van carbonylgroep amide door zinkion

Nee, dat is té simpel :) . Het zink-ion heeft wel degelijk een functie is het katalytische mechanisme. Wat er met de aangehaalde tekst bedoeld wordt: Zn2+ coördineert aan het O-atoom van de carbonylgroep. Hierdoor wordt negatieve lading weggetrokken van het O-atoom, die dat op zijn beurt compenseert door lading bij het C-atoom weg te halen. Het C-atoom wordt daardoor meer positief geladen (dan het al was), wat het gevoeliger maakt voor nucleofiele aanval door een watermolecuul.
Cetero censeo Senseo non esse bibendum
Gebruikersavatar
ArcherBarry
Moderator
Artikelen: 0
Berichten: 5.251
Lid geworden op: di 27 nov 2007, 21:18

Re: polarisatie van carbonylgroep amide door zinkion

oke heb ik ook weer wat geleerd
Niet geschoten is altijd mis, en te snel schieten vaak ook.
 
Ik ben intelligent want ik weet dat ik niks weet. Socrates
Timmoty
Artikelen: 0
Berichten: 247
Lid geworden op: di 04 mar 2008, 18:56

Re: polarisatie van carbonylgroep amide door zinkion

Ik kan volgen wat je aangeeft Marko. Maar is het niet zo dat in het geval van de amide de N groep wordt aangevallen door een nucleofiel. Ik had ook gelezen dat bij een normale carbonylgroep de C positief geladen is ten opzichte van het O-atoom. Maar in het geval van een amide wordt deze lading gevoelsmatig op de C weer teniet gedaan door een elektron van N. Het vrije elektronen paar zal namelijk van N de binding gaan tussen N en C. Hierdoor wordt N positief geladen en O negatief.
 
C lijkt dan geen lading te hebben, of heeft in dit geval het C-atoom toch nog een partiële positieve lading ten opzicht van O. En gaat het als volgt: De delta + is aanwezig op C. Het C-atoom wordt aangevallen door water er ontstaat een R-COO en H2N-R. 
Gebruikersavatar
Marko
Artikelen: 0
Berichten: 10.605
Lid geworden op: vr 03 nov 2006, 23:08

Re: polarisatie van carbonylgroep amide door zinkion

Timmoty schreef: oke heb ik ook weer wat geleerd
 
Een dag niet geleerd is een dag niet geleefd  :)
Cetero censeo Senseo non esse bibendum
Timmoty
Artikelen: 0
Berichten: 247
Lid geworden op: di 04 mar 2008, 18:56

Re: polarisatie van carbonylgroep amide door zinkion

Hartelijk dank voor deze uitleg. Dit maakt het een stuk duidelijker!
Gebruikersavatar
Wdeb
Artikelen: 0
Berichten: 1.253
Lid geworden op: ma 22 nov 2010, 08:57

Re: polarisatie van carbonylgroep amide door zinkion

Omdat ik erg nieuwsgierig werd, heb ik gegoogled. Kwam op de volgende site...
 
http://chemwiki.ucdavis.edu/Biological_Chemistry/Catalysts/Metalloproteases, bij Mechanism.
 
En dat terwijl de uitleg van Marko ook al zo goed was.
Is liefde Chemie? ...In elk geval is Chemie wel bijna liefde.
Gebruikersavatar
Marko
Artikelen: 0
Berichten: 10.605
Lid geworden op: vr 03 nov 2006, 23:08

Re: polarisatie van carbonylgroep amide door zinkion

Het werkelijke mechanisme is inderdaad iets ingewikkelder (een carboxylaatgroep en een imdizazool-ring helpen mee om de benodigde uitwisseling van H-atomen te faciliteren, ook water zit gecoördineerd aan zink, de ruimtelijke structuur helpt mee om amidegroep en water zo te oriënteren dat hydrolyse een "piece of cake" wordt) maar ten tijde van het typen van het bericht had ik niet de mogelijkheid een geschikt plaatje te downloaden teneinde dit verhaal te ondersteunen.
 
Ik vind het altijd enorm fascinerend en indrukwekkend om te zien hóe mooi deze mechanismes uitpakken. 
Cetero censeo Senseo non esse bibendum
Gebruikersavatar
Wdeb
Artikelen: 0
Berichten: 1.253
Lid geworden op: ma 22 nov 2010, 08:57

Re: polarisatie van carbonylgroep amide door zinkion

Ik ook. En dat we "erachter" zijn gekomen.
 
Wdeb
Is liefde Chemie? ...In elk geval is Chemie wel bijna liefde.

Terug naar “Fysische chemie en structuurchemie”