identificatie van fungi

[oom smog]

voor mijn eindwerk graduaat biochemie wil ik een schimmel identificeren die groeit op de buitenzijde en de omgeving van een brouwinstallatie.
daar we weinig gezien hebben over schimmels leek dit een kans om me hierin te verdiepen.
 
Nu heb ik al enkele dagen zitten zoeken en vind ik zeer weinig info over hoe schimmels systematisch kunnen geidentificeerd worden, op 2 boeken na:
food and indoor fungi (nergens meer te vinden, niet als electronische versie beschikbaar, blijkbaar geen openbare belgische bibliotheek die dit heeft)
fungal biodiversity (gevonden, nog te lezen)
er zullen er wel meer zijn maar ik vind ze niet.
 
een bijkomend probleem is de praktische beperkingen van het labo op school waardoor er enkel behoorlijk eenvoudige proeven kunnen uitgevoerd worden.
 
dus vroeg ik me af of iemand bronnen heeft waarmee ik op weg kan?
 
 
verder had ik zelf een idee van een systematische aanpak, namelijk taxonomie aflopen: stam->klasse->orde->familie->geslacht->soort
hiervoor dacht ik:
staal nemen, verdunningsreeks aanmaken en groeien op medium met antibiotica om enkel schimmel te verkrijgen
onder microscoop leggen en visueel stam en mogelijks orde bepalen,
vanaf daar verder identificeren dmv selectieve media en eenvoudige proeven.
 
dus vroeg ik me ook af of iemand info heeft over dergelijke eenvoudige proeven? is er zoiets als een API (en dan vooral met identificatie gids) voor schimmels?
alle andere nuttige info en opmerkingen zijn zeker ook welkom?
 
 

[Wouter_Masselink]

Tijdens je opleiding zal je ongetwijfeld bekend zijn geworden met PCR methoden. Je kan een PCR doen bijvoorbeeld ontworpen om het 18S of 25S rRNA gen te detecteren. Vervolgens dit PCR product via sanger sequencing verder analyseren en een blast alignment doen zou je een erg betrouwbare methode geven om de soort fungi te bepalen. Je kan zodoende zelfs binnen 1 dag de exacte soort bepalen:
 
Grofweg de stappen die je zal moeten doorlopen:
1. ontwerp primers en bestel ze.
2. los de primers op in MQ water
3. Doe je PCR reactie
4. Controleer dat je een goed PCR product hebt door 1-2 ul te analyseren middels gel electrophorese
5. Zuiver je PCR product op.
6. Doe de sequencing/ laat de sequencing doen.
7. BLAST analyse van de resulterende DNA sequentie om de exacte soort te bepalen.
 
Het enige wat je dus concreet genomen nodig hebt is een PCR machine, en de mogelijkheid om gel electrophorese te doen. De meeste professionele labs bestellen primers en laten sequencing door andere bedrijven doen.
Lees ook eens hier een paper over exact dit onderwerp.

[oom smog]

bedankt voor de snelle reactie, maar PCR is een mogelijkheid die ik niet heb op school.
het zal echt oldschool moeten.

[Wouter_Masselink]

Dus puur op morfologische eigenschappen? Dat zal erg lastig zijn om zodoende de exacte soort te bepalen. Hiervoor is diepgaande kennis en het oog van een expert nodig, zelfs dan is de exacte soort lastig te bepalen.
 
PCR stamt uit 1985 en zou ik ook al voorzichtig als oldschool noemen.
 
Kijk voor meer informatie over fungi identificatie ook eens hier.

[oom smog]

morfologisch en met eenvoudige proeven. ik dacht wel dat het moeilijk ging zijn, maar dacht ook dat dit vroeger altijd zo gebeurde dus dat het niet onmogelijk was.
 
idd, PCR is niet zo jong meer, maar toch hebben we het niet op school.
 
de link die je gaf klopt wss niet...

[Wouter_Masselink]

Sorry nog een keer de link.

[sjoerdlab]

API ID32C, API 20C AUX
Is een API test speciaal voor schimmels.
 
Andere optie is om de schimmel te kweken op MEA agar.
Bebroeden voor 1-5 dagen bij 25 ^oC.
Preparaat maken van de schimmels (zodra ze sporen beginnen te vormen).
Onder microscoop bekijken (10x voor algemeen, 40x voor karakteristieke beelden).
Maak een tekening (kijk o.a. naar de vruchtlichamen.
 
Dan is het schema voor de determinatie van de belangrijkste in levensmiddelen voorkomende schimmelgeslachten te vinden in:
Introduction to food borne fungi, Samson, RA, 1996
of
Microbiologie van voedingsmiddelen, Dijk, R, Verschillende drukken.
(deze laatste heb ik zelf, en hierin staan mooie determinatie schema's.
 
Succes!