coronavirus-vaccin in onderzoek via Folding@Home

[Ger]

Folding@home laat gebruikers pc inzetten voor vaccin tegen coronavirus

https://tweakers.net/geek/164202/foldin ... virus.html

[Jan van de Velde]

https://foldingathome.org/2020/02/27/fo ... 2019-ncov/

2019-nCoV is a close cousin to SARS coronavirus (SARS-CoV), and acts in a similar way. For both coronaviruses, the first step of infection occurs in the lungs, when a protein on the surface of the virus binds to a receptor protein on a lung cell. This viral protein is called the spike protein, depicted in red in the image below, and the receptor is known as ACE2. A therapeutic antibody is a type of protein that can block the viral protein from binding to its receptor, therefore preventing the virus from infecting the lung cell. A therapeutic antibody has already been developed for SARS-CoV, but to develop therapeutic antibodies or small molecules for 2019-nCoV, scientists need to better understand the structure of the viral spike protein and how it binds to the human ACE2 receptor required for viral entry into human cells.

Proteins are not stagnant—they wiggle and fold and unfold to take on numerous shapes. We need to study not only one shape of the viral spike protein, but all the ways the protein wiggles and folds into alternative shapes in order to best understand how it interacts with the ACE2 receptor, so that an antibody can be designed. Low-resolution structures of the SARS-CoV spike protein exist and we know the mutations that differ between SARS-CoV and 2019-nCoV. Given this information, we are uniquely positioned to help model the structure of the 2019-nCoV spike protein and identify sites that can be targeted by a therapeutic antibody. We can build computational models that accomplish this goal, but it takes a lot of computing power.

Structures of the closely related SARS-CoV spike protein bound by therapeutic antibodies may help rapidly design better therapies. The three monomers of the SARS-CoV spike protein are shown in different shades of red; the antibody is depicted in green. [PDB: 6NB7 https://www.rcsb.org/structure/6nb7]

[JonazzDJ]

Dit is het moment om opnieuw te starten met vouwen! Of voor anderen om er met te beginnen.

Misschien een ideetje om dit te vermelden in een nieuwsbrief?

Rosetta@Home doet ook onderzoek naar het Coronavirus, voor diegenen die een voorkeur hebben voor BOINC.

[Jan van de Velde]

van het Folding-forum:

Temporary server outages
Postby bruce » Sat Mar 14, 2020 6:05 pm

We've been overwhelmed with the support we're getting from new Donors.

Several servers ran out of WU's overnight. The issue is being addressed as fast as the project's owner can get to it. Unfortunately the server(s) may have to be taken off-line while the new WUs are being generated.

Please bear with us.

[JonazzDJ]

Jan, is er een manier om huidig inactieve vouwers te contacteren? Mensen zoals Yoste en Sillyconmarc kunnen heel wat punten bijeensprokkelen. Misschien motiveert de crisis rond Corona hen wel om opnieuw te beginnen?

[Jan van de Velde]

Nee, ik zou niet weten hoe, en dat hebben we jaaaaaren geleden ook al eens gepoogd.
Veel ex-vouwers vouwden overigens ook al onder een naam die niet overeenkomt met hun gebruikersnaam op wetenschapsforum.

we kunnen op zijn best met de eerstvolgende nieuwsbrief een oproep laten uitgaan .

mijn folding staat trouwens alweer een paar dagen stil. Geen workunit. Dat is volgens de statistieken niet voor iedereen het geval. Brat2007 schud ze er momenteel nogal uit.

[Xilvo]

Bij mij staat minstens één computer meestal een groot deel van de dag aan. Tijd om die ook hiervoor maar eens in te zetten.
Vraag: Hoe doe je daar aan mee als lid van WSF?

[Jan van de Velde]

Vraag: Hoe doe je daar aan mee als lid van WSF?

Welkom !!

voor de installatie:
https://foldingathome.org/support/faq/i ... s/windows/

teamnummer is 48658

Afhankelijk van je vertrouwen in je hardware: hou je processortemperaturen in de gaten.
Mijn vorige machine had bijvoorbeeld niet zo'n geweldige koeling, die moest ik op een lager pitje laten vouwen om onder de 60 ^oC cpu-temp te blijven, en dat vind ik persoonlijk voor een desktop toch wel de veilige limiet.

zie ook onze FAQ:
viewtopic.php?f=59&t=59270&p=141433#p141433

[Xilvo]

Draait.

[Xilvo]

Ik hoorde meteen aan de ventilator dat de cpu behoorlijk aan het werk werd gezet, heb FAH daarom wel op de laagste stand gezet, al was het alleen maar om dat geluid.
Ik zie nu alle cores op ongeveer halve kracht draaien.

[Jan van de Velde]

veel halve krachten bij elkaar is ook volle kracht. Zo heb ik 4 jaar gevouwen, om diezelfde reden. Mijn huidige machine is in dat opzicht véél beter: ik hoor hem nauwelijks, en de temperaturen blijven onder controle, en hij staat op "Full".

[JonazzDJ]

Welkom!!

[Benm]

Het is wel een lastige: afgezien van het warm lopen van je hardware is het ook een nogal kostbare zaak. Zeker desktop systemen kunnen flink wat stroom verbruiken, ook op 'halve kracht'. Als je 24/7 een extra 50 watt verbruikt kost je dat op jaarbasis ogeveer 100 euro.

Probleem is niet zozeer dat de stroom zelf veel kost, maar dat de kWh prijs voor ca 80 procent bestaat uit belasting en netbeheerkosten. Dit is ook de reden dat het in nederland vrijwel onmogelijk is om iets te verdienen aan het minen van bitcoins of iets dergelijks.

Bestaat er eigenlijk ook een variant die je kunt laten draaien op een gehuurde server of vps? Ik heb er zelf bijvoorbeeld eentje met redelijk wat rekenkracht, en die staat zeker snachts vooral te idlen. Geen idee of een hostingbedrijf er een probleem van maakt als je iets als folding gaat doen op je gehuurde server - ik geloof niet dat er in de overeenkomst iets staat over dergelijke zaken.

[Jan van de Velde]

Als je 24/7 een extra 50 watt verbruikt kost je dat op jaarbasis ogeveer 100 euro.

Stroom wordt wel aan zinlozer zaken besteed. Dat is dan 30 cent per etmaal, en je hoeft absoluut niet 24/7 te draaien: ook computers die maar een paar uur per dag aan staan kunnen met zijn allen samen een forse bijdrage leveren. Dat is dé idee van distributed computing: feitelijk geven we Stanford zo met zijn allen een paar supercomputers.
de mijne draait voor een extra 35 W overigens op volle kracht ipv idle. Je draagt bij aan de budgetten van onderzoeksinstituten waarvoor we kennelijk minder willen besteden om toch maar vooral Ryanair in de lucht te kunnen houden middels weekend shoppingtripjes naar Milaan.

[Benm]

Oh absoluut, ik vermeld het alleen even zodat mensen er rekening mee houden.

Wat natuurlijk ook gewoon jammer is dat de grootste deel van het geld opgaat aan belasting en netbeheer - vandaar mijn idee om bijvoorbeeld webservers die idle draaien in te zetten: Daar zit meestal wat meer power in dan in de gemiddelde thuis pc (tenzij je een gpu nodig hebt ipv cpu), staan altijd 24/7 aan en draaien op goedkopere stroom.